求指導(dǎo)EAM勢函數(shù)編譯，有償指導(dǎo)��！

1.用CASTEP計(jì)算單個(gè)銅原子的化學(xué)勢，請問是用Cu晶胞優(yōu)化出來后輸出文件中的Finalenergy除以晶胞中Cu原子的個(gè)數(shù)14嗎？2.同樣計(jì)算Cu2O的化學(xué)勢，是用Finalenergy除以Cu2O晶胞中Cu2O的數(shù)目嗎？軟件導(dǎo)入的Cu2O晶胞中包含Cu2...

想算一下有機(jī)分子的HOMO和LUMO，也有高性能服務(wù)器，但是不太熟悉操作流程，可有大神愿意指點(diǎn)一下，可有償，謝謝。

下載網(wǎng)上優(yōu)化好的硫化銅結(jié)構(gòu)cif文件(是六方晶系)，導(dǎo)入MS后，只有原子沒有成鍵，于是點(diǎn)Calculatebonds，但是顯示的成鍵比較亂，每個(gè)Cu和S原子都連有6個(gè)鍵，和網(wǎng)上原本的成鍵結(jié)構(gòu)很不一樣，請問這是怎么回事��？圖請見二樓，左為原結(jié)構(gòu)，右為導(dǎo)入ms生成...

“在精確的量子力學(xué)計(jì)算上訓(xùn)練原子機(jī)器學(xué)習(xí)模型，以此可用來描述10萬個(gè)原子（10nm長度尺度）體系的液態(tài)非晶和非晶-非晶轉(zhuǎn)變，預(yù)測結(jié)構(gòu)、穩(wěn)定性和電子性質(zhì)。利用更廣泛的間隙分子動(dòng)力學(xué)（GAP-MD），模擬了一個(gè)包含100,000個(gè)硅原子的系統(tǒng)，以解決各種結(jié)構(gòu)躍遷的...

采用MS中forcite模塊的結(jié)構(gòu)優(yōu)化(Geometryoptimization)中的externalpressure,這個(gè)應(yīng)該是施加的外界壓力吧，那么這個(gè)壓力是什么形式，方向是從哪個(gè)軸到哪個(gè)軸，求助大神，希望可以后期交流，有紅包答謝。

構(gòu)建蒙脫石后，采用UFF力場，Qeq算法來對其進(jìn)行優(yōu)化，然后就出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)了。??Thisperiodicsystembearsanetcharge(-64.000000e)andtheQEqcalculationcannotbeperformed.Thisper...

本人剛接觸分子動(dòng)力學(xué)模擬不久，想請教各位老師，如何能夠得到鍵角分布函數(shù)，以及橋氧、非橋氧、自由氧的數(shù)量呢，如果涉及到編程腳本，非常希望您能夠?qū)⒛_本發(fā)給我，這是我的郵箱442202824qq.com，真的非常感謝您！

使用DMOL3模塊計(jì)算MOFs中有機(jī)配體對二甲苯的吸附，想問一下如何確定的吸附位點(diǎn)，我目前是直接把二甲苯模型copy到有機(jī)配體附近，然后進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，但計(jì)算失敗。想問一下大佬們是什么原因，或者是不可以這樣算。輸入文件、輸出文件的末尾部分如下：輸入文件：#Tas...

前輩們，朋友們：你們好！我的研究方向是采用分子動(dòng)力學(xué)模擬硬脆性材料在納米加工中的材料去除機(jī)理及變形行為。最近在采用ovito嘗試對模擬結(jié)果進(jìn)行后處理時(shí)，出現(xiàn)了一些問題不知如何解決，特別希望熱心的蟲友可以為我釋惑。問題如下：1、在ovito中進(jìn)行配位數(shù)分析，在視...

有些關(guān)于處理數(shù)據(jù)的問題想要請教一下或者有相關(guān)方向的也可以交流一下

求問:一水硬鋁石幾何優(yōu)化用的pcff-interface_v1_5charges用forcefieldassigned然后幾何優(yōu)化十二胺作用于一水硬鋁石上，優(yōu)化之后礦層變形了。感謝各位大佬

大家好，我使用autodockvina進(jìn)行分子對接，隨后使用pymol進(jìn)行可視化處理，發(fā)現(xiàn)兩個(gè)軟件顯示的氫鍵數(shù)量有所不同，pymol會(huì)多上1-2個(gè)氫鍵，請問這是什么原因呢？

請問有老師會(huì)模擬熔融的硅和鉻的混合溶液嗎？會(huì)模擬熔融的硅溶液也行，我平時(shí)用的軟件是materialstudio和LAMMPS，可以做出來溶液嗎

顯示指定的參數(shù)已超過有效值的范圍

已經(jīng)查到了乙烷的基頻數(shù)據(jù)，但是沒有找到基頻兼并數(shù)據(jù)。不是專門做這個(gè)的，有可能翻到了識(shí)別不出來

我想做氧化鉍在蒙脫石夾層的作用機(jī)理，蒙脫石用的clayff力場，但是沒有氧化鉍的力場參數(shù)，所以也需要用uff力場，那怎么把兩個(gè)力場聯(lián)合起來使用呢？有沒有遇到過這個(gè)問題的小伙伴，一起探討一下

各位老師，我用lammps模擬水蒸氣凝結(jié)時(shí)，先用nvt系統(tǒng)對水蒸氣控溫，然后改成nve系綜后，水溫開始下降，一路下降到80多K，并且還有下降的趨勢，請問這個(gè)應(yīng)該如何解決，十分感謝各位老師

求DiscoveryStudio4.0安裝包及教程，感激不盡

直接從網(wǎng)站下載的cif文件羥基氧，缺少氫原子，誰有完整版的嗎，想知道怎么添加這個(gè)H的坐標(biāo)呢

下圖是文獻(xiàn)中的動(dòng)力學(xué)圖片，其中有鋅離子和水的配位鍵，我用ms算的分子動(dòng)力學(xué)的結(jié)果里面離子和水之間沒有顯示成鍵。有什么方法可以顯示出這個(gè)鍵嗎呢，ms可以嗎，或者那個(gè)軟件可以？

服務(wù)器配置完全合適，但是沒有root權(quán)限。有償求助alphafold2安裝，希望有大神能給予幫助。謝謝！

剛導(dǎo)入的時(shí)候是C1群，后面cleavesurface，建了真空層之后，為什么變成P1群了？這個(gè)對后續(xù)計(jì)算有影響嗎？如何改回C1群？剛學(xué)的小白，求大神們告知，非常感謝

快幫幫孩子吧，這種中空的原子是用什么軟件顯示的

我在退火時(shí)初始速度選random，之后的第一次動(dòng)力學(xué)計(jì)算時(shí)選random還是current

ms分子動(dòng)力學(xué)弛豫過程選擇優(yōu)化晶胞后，晶胞變形，這對之后的結(jié)果有什么影響嗎，建模之后需要優(yōu)化晶胞嗎