MD simulation之后處理ovito中遇到的問(wèn)題
前輩們，朋友們：
你們好！
我的研究方向是采用分子動(dòng)力學(xué)模擬硬脆性材料在納米加工中的材料去除機(jī)理及變形行為。最近在采用ovito嘗試對(duì)模擬結(jié)果進(jìn)行后處理時(shí)，出現(xiàn)了一些問(wèn)題不知如何解決，特別希望熱心的蟲(chóng)友可以為我釋惑。問(wèn)題如下：
1、在ovito中進(jìn)行配位數(shù)分析，在視覺(jué)效果上感覺(jué)配位數(shù)設(shè)置無(wú)誤后（截?cái)喟霃轿以O(shè)置為稍大于鍵長(zhǎng)）， 進(jìn)行成鍵時(shí)卻發(fā)現(xiàn)配位數(shù)與中心原子的鍵數(shù)十分不一致，如5配位原子的中心原子鍵數(shù)應(yīng)為5才對(duì)，但鍵數(shù)卻表現(xiàn)的極為任意（0~5個(gè)），原子間沒(méi)有鍵居多，成5鍵的原子幾乎沒(méi)有，真的很奇怪；
2、在SiC材料中，在Si原子和C原子成鍵時(shí)，C原子和C原子、Si原子和Si原子之間是否會(huì)成鍵呢？
先行感謝致力于研究的你們，盼解惑！
一個(gè)在分子動(dòng)力學(xué)上處于迷茫的人兒
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
你用的是說(shuō)明modification，量過(guò)原子間距么
前輩，
你好！
我量過(guò)原子間距，未成鍵的原子基本都是由于原子間距大于截?cái)喟霃�；我在生成鍵之前，將顯示效果設(shè)置為只顯示5配位原子，哦，怪不得，原來(lái)是這樣，5配位原子不一定非要和5配位原子才能成鍵。
前輩我提的第二個(gè)問(wèn)題其實(shí)是針對(duì)SiC的徑向分布函數(shù)來(lái)說(shuō)的，RDF中的橫坐標(biāo)（原子間距）應(yīng)該是哪種鍵的長(zhǎng)度呢？是Si-C,Si-Si還是C-C呢？RDF圖我是這么做的，首先進(jìn)行配位數(shù)分析（根據(jù)鍵長(zhǎng)設(shè)置為2.5埃），根據(jù)配位數(shù)著色（配位數(shù)范圍3-7），然后通過(guò)表達(dá)式選取單個(gè)配位數(shù)（如配位數(shù)為5）的原子群，再次進(jìn)行配位數(shù)分析，設(shè)置截?cái)喟霃綖?埃，得到RDF；但是我所生成的單配位數(shù)徑向分布函數(shù)峰值與我所讀論文中的相比，直接打了3個(gè)數(shù)量級(jí)，我有點(diǎn)犯傻了，難道是我生成RDF的方法不正確嗎？
十分期待您的回復(fù)！
迷茫蟲(chóng)友
為什么要單獨(dú)選擇配位數(shù)為5的原子畫rdf?文獻(xiàn)也是這個(gè)流程嗎？你自己都沒(méi)搞懂問(wèn)題在哪，你得把文獻(xiàn)看明白了。
前輩，
您好：
我看過(guò)的論文中確實(shí)展示出了單個(gè)配位數(shù)的RDF和ADF，但是沒(méi)有提示是怎么做出來(lái)的，其實(shí)我自己做的徑向分布函數(shù)是自己想出來(lái)的。
前兩個(gè)圖是我讀到的論文中的插圖，最后一個(gè)是我自己按自己的想法做出的圖，但是，與論文中的RDF的峰值相差了好幾個(gè)數(shù)量級(jí)，不知是怎么回事？
附件中的圖片分別就是4配位原子和6配位原子的RDF和ADF,而Si-I、Si-II、、Si-III、Si-XII、Si-XIII是單晶Si在切削過(guò)程中所演變出的不同晶相結(jié)構(gòu)，圖中虛線分別是各種標(biāo)準(zhǔn)晶相所對(duì)應(yīng)的RDF位置。
十分期待您的回復(fù)！
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文獻(xiàn)的rdf很奇怪。對(duì)于周期性體系，截?cái)喟霃节呌跓o(wú)窮時(shí)，g(r)趨于1（你可以找些典型的rdf看看）。但是這里峰值都沒(méi)到0.5，你可能要看看文獻(xiàn)中rdf的公式才行。
前輩，
您好：
受到你的回復(fù)，我很高興！我也感覺(jué)RDF挺奇怪的，但不只這一篇論文是這樣，我看到的另一篇論文也是這樣的，RDF峰值最大為1左右（如第二、三圖所示），但就像您說(shuō)的那樣，截?cái)喟霃讲豢赡軣o(wú)窮大（此篇論文中截?cái)喟霃綖?埃，且是在單相聚集區(qū)內(nèi)生成徑向分布函數(shù)的，如第一個(gè)圖所示，我就是受到這個(gè)劃分單相聚集區(qū)的方法的啟發(fā)，來(lái)生成RDF的，但結(jié)果...）；此外，論文中我并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)RDF的公式，RDF是用ovito后處理得到的，我想應(yīng)該也用不到公式吧。
看起來(lái)還是我的做法有誤，雖然說(shuō)模擬數(shù)據(jù)不同，但絕不會(huì)相差很大，再說(shuō)都是采用球形壓頭進(jìn)行單晶硅的納米壓痕加工，應(yīng)呈現(xiàn)出相似的規(guī)律才是。前輩，您是怎么生成RDF，又是怎么進(jìn)行配位數(shù)分析的呢？好困惑啊
期待您的回復(fù)！
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，
看了文獻(xiàn)我大概理解了，文獻(xiàn)算的是有限的體系。你用ovito分析時(shí)可能需要把周期性關(guān)掉。
至于納米壓痕，我也沒(méi)做過(guò)，建議你直接寫郵件給作者詢問(wèn)。