 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3653 | 回復(fù): 8 | ||
| 【懸賞金幣】回答本帖問(wèn)題，作者HJieY將贈(zèng)送您 15 個(gè)金幣 | ||
HJieY新蟲(chóng) (初入文壇)
|
[求助]
MD simulation之后處理ovito中遇到的問(wèn)題
|
|
|
前輩們，朋友們： 你們好！ 我的研究方向是采用分子動(dòng)力學(xué)模擬硬脆性材料在納米加工中的材料去除機(jī)理及變形行為。最近在采用ovito嘗試對(duì)模擬結(jié)果進(jìn)行后處理時(shí)，出現(xiàn)了一些問(wèn)題不知如何解決，特別希望熱心的蟲(chóng)友可以為我釋惑。問(wèn)題如下： 1、在ovito中進(jìn)行配位數(shù)分析，在視覺(jué)效果上感覺(jué)配位數(shù)設(shè)置無(wú)誤后（截?cái)喟霃轿以O(shè)置為稍大于鍵長(zhǎng)）， 進(jìn)行成鍵時(shí)卻發(fā)現(xiàn)配位數(shù)與中心原子的鍵數(shù)十分不一致，如5配位原子的中心原子鍵數(shù)應(yīng)為5才對(duì)，但鍵數(shù)卻表現(xiàn)的極為任意（0~5個(gè)），原子間沒(méi)有鍵居多，成5鍵的原子幾乎沒(méi)有，真的很奇怪； 2、在SiC材料中，在Si原子和C原子成鍵時(shí)，C原子和C原子、Si原子和Si原子之間是否會(huì)成鍵呢？ 先行感謝致力于研究的你們，盼解惑！ 一個(gè)在分子動(dòng)力學(xué)上處于迷茫的人兒 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
一志愿中科大能動(dòng)297求調(diào)劑，本科川大
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料學(xué)碩318求調(diào)劑
已經(jīng)有17人回復(fù)
-
化工專碩348，一志愿985求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿東北大學(xué)化學(xué)314分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)085600 319分 材料與化工 金屬方向 求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
環(huán)境調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
環(huán)境工程學(xué)碩288求助調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
0856材料工程，初試313調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085600 英一數(shù)二272求調(diào)劑
已經(jīng)有37人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
get-it
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 23 (小學(xué)生)
- 金幣: 1825.8
- 散金: 26
- 紅花: 4
- 帖子: 273
- 在線: 448.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 3212202
- 注冊(cè): 2014-05-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
2樓2021-07-27 19:12:15
HJieY
新蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 8
- 帖子: 10
- 在線: 7.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 26370323
- 注冊(cè): 2021-05-10
- 性別: GG
- 專業(yè): 零件加工制造
送紅花一朵 |
前輩， 你好！ 我量過(guò)原子間距，未成鍵的原子基本都是由于原子間距大于截?cái)喟霃�；我在生成鍵之前，將顯示效果設(shè)置為只顯示5配位原子，哦，怪不得，原來(lái)是這樣，5配位原子不一定非要和5配位原子才能成鍵。 前輩我提的第二個(gè)問(wèn)題其實(shí)是針對(duì)SiC的徑向分布函數(shù)來(lái)說(shuō)的，RDF中的橫坐標(biāo)（原子間距）應(yīng)該是哪種鍵的長(zhǎng)度呢？是Si-C,Si-Si還是C-C呢？RDF圖我是這么做的，首先進(jìn)行配位數(shù)分析（根據(jù)鍵長(zhǎng)設(shè)置為2.5埃），根據(jù)配位數(shù)著色（配位數(shù)范圍3-7），然后通過(guò)表達(dá)式選取單個(gè)配位數(shù)（如配位數(shù)為5）的原子群，再次進(jìn)行配位數(shù)分析，設(shè)置截?cái)喟霃綖?埃，得到RDF；但是我所生成的單配位數(shù)徑向分布函數(shù)峰值與我所讀論文中的相比，直接打了3個(gè)數(shù)量級(jí)，我有點(diǎn)犯傻了，難道是我生成RDF的方法不正確嗎？ 十分期待您的回復(fù)！ 迷茫蟲(chóng)友 |
3樓2021-07-28 09:02:30
get-it
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 23 (小學(xué)生)
- 金幣: 1825.8
- 散金: 26
- 紅花: 4
- 帖子: 273
- 在線: 448.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 3212202
- 注冊(cè): 2014-05-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
4樓2021-07-28 17:10:42
HJieY
新蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 8
- 帖子: 10
- 在線: 7.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 26370323
- 注冊(cè): 2021-05-10
- 性別: GG
- 專業(yè): 零件加工制造
|
前輩， 您好： 我看過(guò)的論文中確實(shí)展示出了單個(gè)配位數(shù)的RDF和ADF，但是沒(méi)有提示是怎么做出來(lái)的，其實(shí)我自己做的徑向分布函數(shù)是自己想出來(lái)的。 前兩個(gè)圖是我讀到的論文中的插圖，最后一個(gè)是我自己按自己的想法做出的圖，但是，與論文中的RDF的峰值相差了好幾個(gè)數(shù)量級(jí)，不知是怎么回事？ 附件中的圖片分別就是4配位原子和6配位原子的RDF和ADF,而Si-I、Si-II、、Si-III、Si-XII、Si-XIII是單晶Si在切削過(guò)程中所演變出的不同晶相結(jié)構(gòu)，圖中虛線分別是各種標(biāo)準(zhǔn)晶相所對(duì)應(yīng)的RDF位置。 十分期待您的回復(fù)！ 1.jpg 2.jpg 3.jpg |
5樓2021-07-29 09:11:20
get-it
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 23 (小學(xué)生)
- 金幣: 1825.8
- 散金: 26
- 紅花: 4
- 帖子: 273
- 在線: 448.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 3212202
- 注冊(cè): 2014-05-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
6樓2021-07-29 19:46:57
HJieY
新蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 8
- 帖子: 10
- 在線: 7.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 26370323
- 注冊(cè): 2021-05-10
- 性別: GG
- 專業(yè): 零件加工制造
送紅花一朵 |
前輩， 您好： 受到你的回復(fù)，我很高興！我也感覺(jué)RDF挺奇怪的，但不只這一篇論文是這樣，我看到的另一篇論文也是這樣的，RDF峰值最大為1左右（如第二、三圖所示），但就像您說(shuō)的那樣，截?cái)喟霃讲豢赡軣o(wú)窮大（此篇論文中截?cái)喟霃綖?埃，且是在單相聚集區(qū)內(nèi)生成徑向分布函數(shù)的，如第一個(gè)圖所示，我就是受到這個(gè)劃分單相聚集區(qū)的方法的啟發(fā)，來(lái)生成RDF的，但結(jié)果...）；此外，論文中我并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)RDF的公式，RDF是用ovito后處理得到的，我想應(yīng)該也用不到公式吧。 看起來(lái)還是我的做法有誤，雖然說(shuō)模擬數(shù)據(jù)不同，但絕不會(huì)相差很大，再說(shuō)都是采用球形壓頭進(jìn)行單晶硅的納米壓痕加工，應(yīng)呈現(xiàn)出相似的規(guī)律才是。前輩，您是怎么生成RDF，又是怎么進(jìn)行配位數(shù)分析的呢？好困惑啊 期待您的回復(fù)！ 5.jpg 6.jpg 7.jpg |
7樓2021-07-29 22:02:46
get-it
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 23 (小學(xué)生)
- 金幣: 1825.8
- 散金: 26
- 紅花: 4
- 帖子: 273
- 在線: 448.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 3212202
- 注冊(cè): 2014-05-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
8樓2021-07-29 23:20:40
HJieY
新蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 8
- 帖子: 10
- 在線: 7.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 26370323
- 注冊(cè): 2021-05-10
- 性別: GG
- 專業(yè): 零件加工制造
9樓2021-07-30 09:53:20
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 HJieY 的主題更新
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿中科大能動(dòng)297求調(diào)劑，本科川大 +3 | 邵11 2026-03-03 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)085600 319分 材料與化工 金屬方向 求調(diào)劑 +4 | 青科11 2026-03-02 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境調(diào)劑 +6 | chenhanheng 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +7 | ErMiao1020 2026-03-02 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +3 | Afy123456 2026-03-03 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境調(diào)劑 +4 | 柒槿levana 2026-03-01 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 接收調(diào)劑 +12 | 津萌津萌 2026-03-02 | 20/1000 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +3 | MuoLuo1312 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 成績(jī)276，專業(yè)代碼0856求調(diào)劑 +5 | 小陳朵 2026-03-03 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +5 | BrightLL 2026-03-02 | 7/350 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)]
 成果系統(tǒng)訪問(wèn)量大，請(qǐng)15分鐘后再嘗試。由此給您造成的不便，敬請(qǐng)諒解。
+8
|
xhuama 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研]
 高分子化學(xué)與物理調(diào)劑
+6
|
好好好1233 2026-02-28 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 材料化工調(diào)劑 +13 | 今夏不夏 2026-03-01 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 290分材料工程085601求調(diào)劑 數(shù)二英一 +8 | llx0610 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085600求調(diào)劑 +4 | LRZZZZZZ 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +9 | 滿頭大汗的學(xué)生 2026-02-28 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 哈工大計(jì)算機(jī)劉劼團(tuán)隊(duì)招生 +4 | hit_aiot 2026-03-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 264求調(diào)劑 +4 | 巴拉巴拉根556 2026-02-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +3 | 熊境喆 2026-03-01 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +9 | 材料專碩調(diào)劑； 2026-02-28 | 11/550 |
|