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HJieY新蟲 (初入文壇)
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[求助]
MD simulation之后處理ovito中遇到的問題
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前輩們,朋友們: 你們好! 我的研究方向是采用分子動(dòng)力學(xué)模擬硬脆性材料在納米加工中的材料去除機(jī)理及變形行為。最近在采用ovito嘗試對(duì)模擬結(jié)果進(jìn)行后處理時(shí),出現(xiàn)了一些問題不知如何解決,特別希望熱心的蟲友可以為我釋惑。問題如下: 1、在ovito中進(jìn)行配位數(shù)分析,在視覺效果上感覺配位數(shù)設(shè)置無誤后(截?cái)喟霃轿以O(shè)置為稍大于鍵長(zhǎng)), 進(jìn)行成鍵時(shí)卻發(fā)現(xiàn)配位數(shù)與中心原子的鍵數(shù)十分不一致,如5配位原子的中心原子鍵數(shù)應(yīng)為5才對(duì),但鍵數(shù)卻表現(xiàn)的極為任意(0~5個(gè)),原子間沒有鍵居多,成5鍵的原子幾乎沒有,真的很奇怪; 2、在SiC材料中,在Si原子和C原子成鍵時(shí),C原子和C原子、Si原子和Si原子之間是否會(huì)成鍵呢? 先行感謝致力于研究的你們,盼解惑! 一個(gè)在分子動(dòng)力學(xué)上處于迷茫的人兒 |

新蟲 (初入文壇)

新蟲 (小有名氣)
新蟲 (初入文壇)
送紅花一朵 |
前輩, 你好! 我量過原子間距,未成鍵的原子基本都是由于原子間距大于截?cái)喟霃;我在生成鍵之前,將顯示效果設(shè)置為只顯示5配位原子,哦,怪不得,原來是這樣,5配位原子不一定非要和5配位原子才能成鍵。 前輩我提的第二個(gè)問題其實(shí)是針對(duì)SiC的徑向分布函數(shù)來說的,RDF中的橫坐標(biāo)(原子間距)應(yīng)該是哪種鍵的長(zhǎng)度呢?是Si-C,Si-Si還是C-C呢?RDF圖我是這么做的,首先進(jìn)行配位數(shù)分析(根據(jù)鍵長(zhǎng)設(shè)置為2.5埃),根據(jù)配位數(shù)著色(配位數(shù)范圍3-7),然后通過表達(dá)式選取單個(gè)配位數(shù)(如配位數(shù)為5)的原子群,再次進(jìn)行配位數(shù)分析,設(shè)置截?cái)喟霃綖?埃,得到RDF;但是我所生成的單配位數(shù)徑向分布函數(shù)峰值與我所讀論文中的相比,直接打了3個(gè)數(shù)量級(jí),我有點(diǎn)犯傻了,難道是我生成RDF的方法不正確嗎? 十分期待您的回復(fù)! 迷茫蟲友 |

新蟲 (小有名氣)
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