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HJieY新蟲 (初入文壇)
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MD simulation之后處理ovito中遇到的問題
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前輩們，朋友們： 你們好！ 我的研究方向是采用分子動力學(xué)模擬硬脆性材料在納米加工中的材料去除機理及變形行為。最近在采用ovito嘗試對模擬結(jié)果進行后處理時，出現(xiàn)了一些問題不知如何解決，特別希望熱心的蟲友可以為我釋惑。問題如下： 1、在ovito中進行配位數(shù)分析，在視覺效果上感覺配位數(shù)設(shè)置無誤后（截斷半徑我設(shè)置為稍大于鍵長）， 進行成鍵時卻發(fā)現(xiàn)配位數(shù)與中心原子的鍵數(shù)十分不一致，如5配位原子的中心原子鍵數(shù)應(yīng)為5才對，但鍵數(shù)卻表現(xiàn)的極為任意（0~5個），原子間沒有鍵居多，成5鍵的原子幾乎沒有，真的很奇怪； 2、在SiC材料中，在Si原子和C原子成鍵時，C原子和C原子、Si原子和Si原子之間是否會成鍵呢？ 先行感謝致力于研究的你們，盼解惑！ 一個在分子動力學(xué)上處于迷茫的人兒 |
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HJieY
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送紅花一朵 |
前輩， 你好！ 我量過原子間距，未成鍵的原子基本都是由于原子間距大于截斷半徑；我在生成鍵之前，將顯示效果設(shè)置為只顯示5配位原子，哦，怪不得，原來是這樣，5配位原子不一定非要和5配位原子才能成鍵。 前輩我提的第二個問題其實是針對SiC的徑向分布函數(shù)來說的，RDF中的橫坐標（原子間距）應(yīng)該是哪種鍵的長度呢？是Si-C,Si-Si還是C-C呢？RDF圖我是這么做的，首先進行配位數(shù)分析（根據(jù)鍵長設(shè)置為2.5埃），根據(jù)配位數(shù)著色（配位數(shù)范圍3-7），然后通過表達式選取單個配位數(shù)（如配位數(shù)為5）的原子群，再次進行配位數(shù)分析，設(shè)置截斷半徑為5埃，得到RDF；但是我所生成的單配位數(shù)徑向分布函數(shù)峰值與我所讀論文中的相比，直接打了3個數(shù)量級，我有點犯傻了，難道是我生成RDF的方法不正確嗎？ 十分期待您的回復(fù)！ 迷茫蟲友 |
3樓2021-07-28 09:02:30
HJieY
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前輩， 您好： 我看過的論文中確實展示出了單個配位數(shù)的RDF和ADF，但是沒有提示是怎么做出來的，其實我自己做的徑向分布函數(shù)是自己想出來的。 前兩個圖是我讀到的論文中的插圖，最后一個是我自己按自己的想法做出的圖，但是，與論文中的RDF的峰值相差了好幾個數(shù)量級，不知是怎么回事？ 附件中的圖片分別就是4配位原子和6配位原子的RDF和ADF,而Si-I、Si-II、、Si-III、Si-XII、Si-XIII是單晶Si在切削過程中所演變出的不同晶相結(jié)構(gòu)，圖中虛線分別是各種標準晶相所對應(yīng)的RDF位置。 十分期待您的回復(fù)！ 1.jpg 2.jpg 3.jpg |
5樓2021-07-29 09:11:20
HJieY
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前輩， 您好： 受到你的回復(fù)，我很高興！我也感覺RDF挺奇怪的，但不只這一篇論文是這樣，我看到的另一篇論文也是這樣的，RDF峰值最大為1左右（如第二、三圖所示），但就像您說的那樣，截斷半徑不可能無窮大（此篇論文中截斷半徑為5埃，且是在單相聚集區(qū)內(nèi)生成徑向分布函數(shù)的，如第一個圖所示，我就是受到這個劃分單相聚集區(qū)的方法的啟發(fā)，來生成RDF的，但結(jié)果...）；此外，論文中我并沒有發(fā)現(xiàn)RDF的公式，RDF是用ovito后處理得到的，我想應(yīng)該也用不到公式吧。 看起來還是我的做法有誤，雖然說模擬數(shù)據(jù)不同，但絕不會相差很大，再說都是采用球形壓頭進行單晶硅的納米壓痕加工，應(yīng)呈現(xiàn)出相似的規(guī)律才是。前輩，您是怎么生成RDF，又是怎么進行配位數(shù)分析的呢？好困惑啊 期待您的回復(fù)！ 5.jpg 6.jpg 7.jpg |
7樓2021-07-29 22:02:46
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9樓2021-07-30 09:53:20
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