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HJieY新蟲 (初入文壇)
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[求助]
MD simulation之后處理ovito中遇到的問題
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前輩們，朋友們： 你們好！ 我的研究方向是采用分子動(dòng)力學(xué)模擬硬脆性材料在納米加工中的材料去除機(jī)理及變形行為。最近在采用ovito嘗試對(duì)模擬結(jié)果進(jìn)行后處理時(shí)，出現(xiàn)了一些問題不知如何解決，特別希望熱心的蟲友可以為我釋惑。問題如下： 1、在ovito中進(jìn)行配位數(shù)分析，在視覺效果上感覺配位數(shù)設(shè)置無誤后（截?cái)喟霃轿以O(shè)置為稍大于鍵長）， 進(jìn)行成鍵時(shí)卻發(fā)現(xiàn)配位數(shù)與中心原子的鍵數(shù)十分不一致，如5配位原子的中心原子鍵數(shù)應(yīng)為5才對(duì)，但鍵數(shù)卻表現(xiàn)的極為任意（0~5個(gè)），原子間沒有鍵居多，成5鍵的原子幾乎沒有，真的很奇怪； 2、在SiC材料中，在Si原子和C原子成鍵時(shí)，C原子和C原子、Si原子和Si原子之間是否會(huì)成鍵呢？ 先行感謝致力于研究的你們，盼解惑！ 一個(gè)在分子動(dòng)力學(xué)上處于迷茫的人兒 |
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HJieY
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前輩， 您好： 受到你的回復(fù)，我很高興！我也感覺RDF挺奇怪的，但不只這一篇論文是這樣，我看到的另一篇論文也是這樣的，RDF峰值最大為1左右（如第二、三圖所示），但就像您說的那樣，截?cái)喟霃讲豢赡軣o窮大（此篇論文中截?cái)喟霃綖?埃，且是在單相聚集區(qū)內(nèi)生成徑向分布函數(shù)的，如第一個(gè)圖所示，我就是受到這個(gè)劃分單相聚集區(qū)的方法的啟發(fā)，來生成RDF的，但結(jié)果...）；此外，論文中我并沒有發(fā)現(xiàn)RDF的公式，RDF是用ovito后處理得到的，我想應(yīng)該也用不到公式吧。 看起來還是我的做法有誤，雖然說模擬數(shù)據(jù)不同，但絕不會(huì)相差很大，再說都是采用球形壓頭進(jìn)行單晶硅的納米壓痕加工，應(yīng)呈現(xiàn)出相似的規(guī)律才是。前輩，您是怎么生成RDF，又是怎么進(jìn)行配位數(shù)分析的呢？好困惑啊 期待您的回復(fù)！ 5.jpg 6.jpg 7.jpg |
7樓2021-07-29 22:02:46
get-it
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2樓2021-07-27 19:12:15
HJieY
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前輩， 你好！ 我量過原子間距，未成鍵的原子基本都是由于原子間距大于截?cái)喟霃�；我在生成鍵之前，將顯示效果設(shè)置為只顯示5配位原子，哦，怪不得，原來是這樣，5配位原子不一定非要和5配位原子才能成鍵。 前輩我提的第二個(gè)問題其實(shí)是針對(duì)SiC的徑向分布函數(shù)來說的，RDF中的橫坐標(biāo)（原子間距）應(yīng)該是哪種鍵的長度呢？是Si-C,Si-Si還是C-C呢？RDF圖我是這么做的，首先進(jìn)行配位數(shù)分析（根據(jù)鍵長設(shè)置為2.5埃），根據(jù)配位數(shù)著色（配位數(shù)范圍3-7），然后通過表達(dá)式選取單個(gè)配位數(shù)（如配位數(shù)為5）的原子群，再次進(jìn)行配位數(shù)分析，設(shè)置截?cái)喟霃綖?埃，得到RDF；但是我所生成的單配位數(shù)徑向分布函數(shù)峰值與我所讀論文中的相比，直接打了3個(gè)數(shù)量級(jí)，我有點(diǎn)犯傻了，難道是我生成RDF的方法不正確嗎？ 十分期待您的回復(fù)！ 迷茫蟲友 |
3樓2021-07-28 09:02:30
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4樓2021-07-28 17:10:42
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