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HJieY新蟲 (初入文壇)
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[求助]
MD simulation之后處理ovito中遇到的問題
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前輩們，朋友們： 你們好！ 我的研究方向是采用分子動力學(xué)模擬硬脆性材料在納米加工中的材料去除機(jī)理及變形行為。最近在采用ovito嘗試對模擬結(jié)果進(jìn)行后處理時，出現(xiàn)了一些問題不知如何解決，特別希望熱心的蟲友可以為我釋惑。問題如下： 1、在ovito中進(jìn)行配位數(shù)分析，在視覺效果上感覺配位數(shù)設(shè)置無誤后（截斷半徑我設(shè)置為稍大于鍵長）， 進(jìn)行成鍵時卻發(fā)現(xiàn)配位數(shù)與中心原子的鍵數(shù)十分不一致，如5配位原子的中心原子鍵數(shù)應(yīng)為5才對，但鍵數(shù)卻表現(xiàn)的極為任意（0~5個），原子間沒有鍵居多，成5鍵的原子幾乎沒有，真的很奇怪； 2、在SiC材料中，在Si原子和C原子成鍵時，C原子和C原子、Si原子和Si原子之間是否會成鍵呢？ 先行感謝致力于研究的你們，盼解惑！ 一個在分子動力學(xué)上處于迷茫的人兒 |
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6樓2021-07-29 19:46:57
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2樓2021-07-27 19:12:15
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送紅花一朵 |
前輩， 你好！ 我量過原子間距，未成鍵的原子基本都是由于原子間距大于截斷半徑；我在生成鍵之前，將顯示效果設(shè)置為只顯示5配位原子，哦，怪不得，原來是這樣，5配位原子不一定非要和5配位原子才能成鍵。 前輩我提的第二個問題其實是針對SiC的徑向分布函數(shù)來說的，RDF中的橫坐標(biāo)（原子間距）應(yīng)該是哪種鍵的長度呢？是Si-C,Si-Si還是C-C呢？RDF圖我是這么做的，首先進(jìn)行配位數(shù)分析（根據(jù)鍵長設(shè)置為2.5埃），根據(jù)配位數(shù)著色（配位數(shù)范圍3-7），然后通過表達(dá)式選取單個配位數(shù)（如配位數(shù)為5）的原子群，再次進(jìn)行配位數(shù)分析，設(shè)置截斷半徑為5埃，得到RDF；但是我所生成的單配位數(shù)徑向分布函數(shù)峰值與我所讀論文中的相比，直接打了3個數(shù)量級，我有點犯傻了，難道是我生成RDF的方法不正確嗎？ 十分期待您的回復(fù)！ 迷茫蟲友 |
3樓2021-07-28 09:02:30
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4樓2021-07-28 17:10:42
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