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[交流]
qPCR標(biāo)曲正常,但是結(jié)果比理論值高1~2個(gè)數(shù)量級(jí),求大家?guī)兔Ψ治鲈颉?
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大家好,我這邊最近做qPCR絕對(duì)定量遇到一個(gè)現(xiàn)象,就是qPCR的結(jié)果和我的菌液鏡檢結(jié)果相差1~2個(gè)數(shù)量級(jí),下面把結(jié)果和實(shí)驗(yàn)中的一些參數(shù)給大家看看,請(qǐng)幫忙分析一下。 我的qPCR結(jié)果顯示我菌液濃度約為8E+11copies/ml,顯微鏡檢結(jié)果約為3E+9個(gè)/ml。 由于不確定細(xì)菌基因拷貝數(shù),假如拷貝數(shù)為10,qPCR的結(jié)果仍然是8E+10 cell/ml,還是比顯微鏡檢高了1個(gè)數(shù)量級(jí)。 雖然顯微鏡檢也是相對(duì)定量,結(jié)果有與實(shí)際值有偏差,但是10倍差在顯微鏡下差異還是很大的。 我是提取的質(zhì)粒DNA,用qubit測(cè)的濃度為84ng/μl,目的片段堿基數(shù)分別為A:T:C:G=59:50:73:95(合計(jì)277),質(zhì)粒用的pMD-19T堿基數(shù)A:T:C:G=662::69:676:686(合計(jì)2693),計(jì)算公式為:標(biāo)品拷貝數(shù)=84x(6.02E+23)/(277+2693)/660,質(zhì)粒標(biāo)品濃度為2.58E+10 copies/μl,質(zhì)粒進(jìn)行10倍梯度稀釋取2~8次方進(jìn)行qPCR檢測(cè)。 標(biāo)準(zhǔn)曲線參數(shù):擴(kuò)增效率90.6%,R2=0.999,slope=-3.571 溶劑曲線:?jiǎn)畏澹瑹o非特異性擴(kuò)增 樣品DNA稀釋100倍進(jìn)行qPCR檢測(cè),下機(jī)拷貝數(shù)為:1.56E+7 copies/μl 用0.2ml菌液離心洗滌,400μl重懸破壁后取上清200μl提DNA,50μl去離子水洗脫, DNA拷貝數(shù)計(jì)算公式為:菌液DNA含量(copies/ml)=(1.56E+7)x100x50x2/0.2,結(jié)果約為8E+11copies/ml 小木蟲今天沒法上傳圖片,只能辛苦大家看文字版了,謝謝! |
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禁蟲 (小有名氣)
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本帖內(nèi)容被屏蔽 |
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最后沒明白為什么要乘以二,而且感覺應(yīng)該跟質(zhì)粒的拷貝數(shù)進(jìn)行比較吧,qpcr首次接觸,只是個(gè)人觀點(diǎn) 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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