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燈泡3204木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
加H不合理 已有2人參與
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checkcif時(shí)發(fā)現(xiàn)A類(lèi)錯(cuò)誤，Short Inter D-H..H-X H2’ ..H7 . 1.38 Ang. 2-x,1/2+y,-z = 2_755 Check 其中H2'是氧上的活潑H，H7為C上的H,重新加H，以及限制鍵長(zhǎng)都沒(méi)有解決，請(qǐng)專(zhuān)家高手給與指導(dǎo)，謝謝！ lst文件中未顯示有無(wú)序，但是某些原子橢球率比較高， |
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求助
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HDJ_Tokyo
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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4樓2019-12-05 16:13:07
HDJ_Tokyo
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燈泡32042樓2019-12-05 12:51:44
燈泡3204
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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3樓2019-12-05 13:43:10
燈泡3204
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重新解析后checkcif，錯(cuò)誤變了 PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X H1'A ..H6 . 1.75 Ang. 2-x,1/2+y,-z = 2_755 Check Short inter D-H..H-X contact. This might be a di-hydrogen bond of the type B-H..H-O. See: Crabtree et al. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 348-354. PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X H3' ..H5 . 1.39 Ang. 1+x,1+y,z = 1_665 Check Potential hydrogen bond donors are checked for the presence of suitable acceptors using commonly used (Jeffrey) H-bond criteria. As a general rule there should be an acceptor for each donor. Exceptions are very rare for O-H and more common for -NH and -NH2. A common error is an -OH on a calculated position pointing in the wrong direction. |
5樓2019-12-05 16:15:11
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