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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 材料區(qū) » 晶體 » 晶體解析 » 加H不合理
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燈泡3204木蟲 (著名寫手)
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[求助]
加H不合理 已有2人參與
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checkcif時發(fā)現(xiàn)A類錯誤，Short Inter D-H..H-X H2’ ..H7 . 1.38 Ang. 2-x,1/2+y,-z = 2_755 Check 其中H2'是氧上的活潑H，H7為C上的H,重新加H，以及限制鍵長都沒有解決，請專家高手給與指導(dǎo)，謝謝！ lst文件中未顯示有無序，但是某些原子橢球率比較高， |
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2樓2019-12-05 12:51:44
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3樓2019-12-05 13:43:10
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4樓2019-12-05 16:13:07
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重新解析后checkcif，錯誤變了 PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X H1'A ..H6 . 1.75 Ang. 2-x,1/2+y,-z = 2_755 Check Short inter D-H..H-X contact. This might be a di-hydrogen bond of the type B-H..H-O. See: Crabtree et al. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 348-354. PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X H3' ..H5 . 1.39 Ang. 1+x,1+y,z = 1_665 Check Potential hydrogen bond donors are checked for the presence of suitable acceptors using commonly used (Jeffrey) H-bond criteria. As a general rule there should be an acceptor for each donor. Exceptions are very rare for O-H and more common for -NH and -NH2. A common error is an -OH on a calculated position pointing in the wrong direction. |
5樓2019-12-05 16:15:11
燈泡3204
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PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X H1'A ..H6 . 1.75 Ang. 2-x,1/2+y,-z = 2_755 Check PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X H3' ..H5 . 1.39 Ang. 1+x,1+y,z = 1_665 Check Short inter D-H..H-X contact. This might be a di-hydrogen bond of the type B-H..H-O. See: Crabtree et al. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 348-354. Alert level B PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O2' --H2' . Please Check PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O3' --H3' . Please Check Potential hydrogen bond donors are checked for the presence of suitable acceptors using commonly used (Jeffrey) H-bond criteria. As a general rule there should be an acceptor for each donor. Exceptions are very rare for O-H and more common for -NH and -NH2. A common error is an -OH on a calculated position pointing in the wrong direction. |
6樓2019-12-05 16:21:15
燈泡3204
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7樓2019-12-05 16:45:53
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8樓2019-12-05 20:35:01
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9樓2019-12-06 08:29:49
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10樓2019-12-06 08:32:06
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