燈泡3204

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[求助] 加H不合理已有2人參與

checkcif時(shí)發(fā)現(xiàn)A類(lèi)錯(cuò)誤，Short Inter D-H..H-X H2’ ..H7 . 1.38 Ang.
2-x,1/2+y,-z = 2_755 Check

其中H2'是氧上的活潑H，H7為C上的H,重新加H，以及限制鍵長(zhǎng)都沒(méi)有解決，請(qǐng)專(zhuān)家高手給與指導(dǎo)，謝謝！

lst文件中未顯示有無(wú)序，但是某些原子橢球率比較高，

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1樓 2019-12-05 11:33:59

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

兩個(gè)氫原子距離太近，限制遠(yuǎn)離一下就好了

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2樓2019-12-05 12:51:44

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2樓: Originally posted by HDJ_Tokyo at 2019-12-05 12:51:44
兩個(gè)氫原子距離太近，限制遠(yuǎn)離一下就好了

如何限制啊，用什么命令呢？我剛剛算入門(mén)

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3樓2019-12-05 13:43:10

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3樓: Originally posted by 燈泡3204 at 2019-12-05 13:43:10
如何限制啊，用什么命令呢？我剛剛算入門(mén)...

dfix限制兩個(gè)氫原子的距離

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4樓2019-12-05 16:13:07

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3樓: Originally posted by 燈泡3204 at 2019-12-05 13:43:10
如何限制啊，用什么命令呢？我剛剛算入門(mén)...

重新解析后checkcif，錯(cuò)誤變了
PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X    H1'A    ..H6    .    1.75 Ang.
                                             2-x,1/2+y,-z  =    2_755 Check

Short inter D-H..H-X contact. This might be a di-hydrogen bond of the type
B-H..H-O. See: Crabtree et al. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 348-354.

PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X    H3'    ..H5    .    1.39 Ang.
                                                1+x,1+y,z  =    1_665 Check
Potential hydrogen bond donors are checked for the presence of suitable
acceptors using commonly used (Jeffrey) H-bond criteria. As a general rule
there should be an acceptor for each donor. Exceptions are very rare for O-H
and more common for -NH and -NH2. A common error is an -OH on a calculated
position pointing in the wrong direction.

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5樓2019-12-05 16:15:11

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5樓: Originally posted by 燈泡3204 at 2019-12-05 16:15:11
重新解析后checkcif，錯(cuò)誤變了
PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X H1'A ..H6 . 1.75 Ang.
2-x,1/2+y,-z = 2_755 Check
...

PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X    H1'A    ..H6    .    1.75 Ang.
                                             2-x,1/2+y,-z  =    2_755 Check
PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X    H3'    ..H5    .    1.39 Ang.
                                                1+x,1+y,z  =    1_665 Check
Short inter D-H..H-X contact. This might be a di-hydrogen bond of the type
B-H..H-O. See: Crabtree et al. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 348-354.

Alert level B
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor    O2'    --H2'    .    Please Check
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor    O3'    --H3'    .    Please Check
Potential hydrogen bond donors are checked for the presence of suitable
acceptors using commonly used (Jeffrey) H-bond criteria. As a general rule
there should be an acceptor for each donor. Exceptions are very rare for O-H
and more common for -NH and -NH2. A common error is an -OH on a calculated
position pointing in the wrong direction.

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6樓2019-12-05 16:21:15

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4樓: Originally posted by HDJ_Tokyo at 2019-12-05 16:13:07
dfix限制兩個(gè)氫原子的距離...

這個(gè)命令我知道，限制多少啊，1.8?還是2點(diǎn)幾

發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端

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7樓2019-12-05 16:45:53

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7樓: Originally posted by 燈泡3204 at 2019-12-05 16:45:53
這個(gè)命令我知道，限制多少啊，1.8?還是2點(diǎn)幾
...

要大于2.1才不會(huì)出警告

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8樓2019-12-05 20:35:01

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8樓: Originally posted by HDJ_Tokyo at 2019-12-05 20:35:01
要大于2.1才不會(huì)出警告...

我看了下提示，好像說(shuō)是出現(xiàn)了 di-hydrogen bond，是不是需要象處理氫鍵一樣HTAB一下，但沒(méi)搞懂是作為分子內(nèi)氫鍵處理還是分子間氫鍵處理呢

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9樓2019-12-06 08:29:49

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9樓: Originally posted by 燈泡3204 at 2019-12-06 08:29:49
我看了下提示，好像說(shuō)是出現(xiàn)了 di-hydrogen bond，是不是需要象處理氫鍵一樣HTAB一下，但沒(méi)搞懂是作為分子內(nèi)氫鍵處理還是分子間氫鍵處理呢...

PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X    H1'A    ..H6    .    1.75 Ang.
                                             2-x,1/2+y,-z  =    2_755 Check
PLAT415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X    H3'    ..H5    .    1.39 Ang.
                                                1+x,1+y,z  =    1_665 Check
我先按分子間氫鍵處理一下

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10樓2019-12-06 08:32:06

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