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Red同源重組,大腸桿菌EDL933同源重組效率低是什么原因啊?
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![]() ![]() 萌新最近開始做Red同源重組來敲除大腸桿菌O157(EDL933)中的一個基因,我用的是pKD4 pKD46 pCP20這三個質(zhì)粒,從DH5a中提取出來就PCR驗(yàn)證了,證明質(zhì)粒沒有問題,現(xiàn)在已經(jīng)得到了pKD46/O157重組子,下一步就是打靶片段擴(kuò)增,我的打靶片段是選取目的基因上下游50bp同源,然后以pKD4為模板擴(kuò)增含有Kan抗性的打靶片段,L-阿拉伯糖終濃度是30mM,誘導(dǎo)2h,再用10%甘油處理做成電轉(zhuǎn)感受態(tài),電轉(zhuǎn)條件是2.5kv,5ms。加入1ml LB 30℃孵育2h,之后離心涂布到Kan抗性平板,設(shè)置了陰性對照(電轉(zhuǎn)水)、陽性對照(電轉(zhuǎn)pKD4),打靶片段還用Dpn 1處理了,但是實(shí)驗(yàn)組和對照組都沒有長。我懷疑是這樣幾個原因: 1.電轉(zhuǎn)感受態(tài)制備活性不夠好 2.打靶片段擴(kuò)增出現(xiàn)錯配(我沒有測序,是PCR產(chǎn)物用Dpn 1酶處理再跑膠切膠回收) 3.是不是同源替換片段太長了,我打靶片段是1598bp,然后目的基因是699bp,會不會是太長了同源重組難以發(fā)生? 4.我?guī)熜终f現(xiàn)在第一步就是把陽性對照弄出來,但是陽性對照我看了pKD4和pKD46沒有相同的啟動子,應(yīng)該是可以共存的,那就是說明我電轉(zhuǎn)化感受態(tài)制備有問題? 5.還有個問題就是我怎么判斷pKD46被誘導(dǎo)表達(dá)了同源重組酶? 想請教下各位分子大佬,有沒有做這方面的經(jīng)驗(yàn),能對小弟我指導(dǎo)下,而且網(wǎng)上查還說大腸桿菌K系列什么的容易敲除,這個什么系列是怎么查看的呢? ![]() |
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可能是打靶DNA片段濃度太低,導(dǎo)致重組效率低。可以降低pKD 4擴(kuò)增時的模板濃度,不用DpnI處理,另外,你的電擊電壓太大,導(dǎo)致致死率偏高 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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你用DpnI處理后,有沒有再純化一下呢?如果再純化的話,可能會降低打靶DNA的濃度。如果不純化,可能會影響電擊。你試試1.5——1.8KV。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
禁蟲 (文學(xué)泰斗)
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