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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 生物科學 » 綜合其他 » 計算生物信息學服務器怎么選
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計算生物信息學服務器怎么選
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計算生物信息學 生物信息學利用應用數(shù)學、信息學、統(tǒng)計學和計算機科學的方法研究生物學的問題，生物信息學利用數(shù)學工具從大量教據(jù)中提取有用的生物學信息，其研究工具是計算機，研究方法包括對生物學數(shù)據(jù)的搜索(收集和篩選)、處理(編輯、整理、管理和顯示)及利用(計算、模擬)，目前主要的研究方向有:序列比對、基因識別、基因重組、蛋白質(zhì)結構預測、基因表達、蛋白質(zhì)反應的預測，以及建立進化模型。 生物信息學服務器選型 計算生物信息學服務器分為靜音塔式服務器和機架式服務器兩種，靜音塔式服務器可以放置在辦公室像臺式機一樣使用，機架式服務器可以放置在機房遠程使用，用戶使用起來非常方便。 目前常用計算生物信息學服務器，分為Intel平臺方案和AMD平臺方案，基于Intel Xeon CPU平臺方案最大支持四路CPU，CPU核心高達112個，最大支持48根內(nèi)存通道，內(nèi)存容量高達12TB，基子AMD EPYC CPU平臺萬案最大支持雙路CPU，CPU核心高達256個，線程高達512線程，最大支持32根內(nèi)存通道，內(nèi)存容量高8TB、CPU計算能力強勁，內(nèi)存帶寬和容量都非常大，可以加快完成客戶的計算生物信息學任務，最大支持4個U.2 SSD固態(tài)硬盤，容量高大32TB，每塊SSD讀寫速度高達2000MB/s，讀寫速度是普通機械硬盤的十幾倍，較大提升中間數(shù)據(jù)的讀寫速度，從而提升計算速度。最大支持12塊3.5英寸機械硬盤，容量高達240TB，方便在本地存儲海量的生物信息數(shù)據(jù)。 機器軟件方面，服務器出廠預裝Blast，GATK，BWA，Bowtie2等常用或者客戶指定的計算生物信息學軟件，集成OpenMPI，MPICH并行計算環(huán)境，GNU C/C++編譯器，GNU Fortran編譯器，LAPACK，BLAS,Atas,FFTW等高性能計算函數(shù)庫，安裝CentOs,Ubuntu等多種操作系統(tǒng)，部署機器管理系統(tǒng)和作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)軟件刪除等管理功能。 ———————————————— 版權聲明：本文為博主原創(chuàng)文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版權協(xié)議，轉載請附上原文出處鏈接和本聲明。 原文鏈接：https://blog.csdn.net/HPC_factory/article/details/136835903 |
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