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專(zhuān)注做科研的新蟲(chóng) (初入文壇)
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計(jì)算生物信息學(xué)服務(wù)器怎么選
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計(jì)算生物信息學(xué) 生物信息學(xué)利用應(yīng)用數(shù)學(xué)、信息學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)的方法研究生物學(xué)的問(wèn)題，生物信息學(xué)利用數(shù)學(xué)工具從大量教據(jù)中提取有用的生物學(xué)信息，其研究工具是計(jì)算機(jī)，研究方法包括對(duì)生物學(xué)數(shù)據(jù)的搜索(收集和篩選)、處理(編輯、整理、管理和顯示)及利用(計(jì)算、模擬)，目前主要的研究方向有:序列比對(duì)、基因識(shí)別、基因重組、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、基因表達(dá)、蛋白質(zhì)反應(yīng)的預(yù)測(cè)，以及建立進(jìn)化模型。 生物信息學(xué)服務(wù)器選型 計(jì)算生物信息學(xué)服務(wù)器分為靜音塔式服務(wù)器和機(jī)架式服務(wù)器兩種，靜音塔式服務(wù)器可以放置在辦公室像臺(tái)式機(jī)一樣使用，機(jī)架式服務(wù)器可以放置在機(jī)房遠(yuǎn)程使用，用戶(hù)使用起來(lái)非常方便。 目前常用計(jì)算生物信息學(xué)服務(wù)器，分為Intel平臺(tái)方案和AMD平臺(tái)方案，基于Intel Xeon CPU平臺(tái)方案最大支持四路CPU，CPU核心高達(dá)112個(gè)，最大支持48根內(nèi)存通道，內(nèi)存容量高達(dá)12TB，基子AMD EPYC CPU平臺(tái)萬(wàn)案最大支持雙路CPU，CPU核心高達(dá)256個(gè)，線程高達(dá)512線程，最大支持32根內(nèi)存通道，內(nèi)存容量高8TB、CPU計(jì)算能力強(qiáng)勁，內(nèi)存帶寬和容量都非常大，可以加快完成客戶(hù)的計(jì)算生物信息學(xué)任務(wù)，最大支持4個(gè)U.2 SSD固態(tài)硬盤(pán)，容量高大32TB，每塊SSD讀寫(xiě)速度高達(dá)2000MB/s，讀寫(xiě)速度是普通機(jī)械硬盤(pán)的十幾倍，較大提升中間數(shù)據(jù)的讀寫(xiě)速度，從而提升計(jì)算速度。最大支持12塊3.5英寸機(jī)械硬盤(pán)，容量高達(dá)240TB，方便在本地存儲(chǔ)海量的生物信息數(shù)據(jù)。 機(jī)器軟件方面，服務(wù)器出廠預(yù)裝Blast，GATK，BWA，Bowtie2等常用或者客戶(hù)指定的計(jì)算生物信息學(xué)軟件，集成OpenMPI，MPICH并行計(jì)算環(huán)境，GNU C/C++編譯器，GNU Fortran編譯器，LAPACK，BLAS,Atas,FFTW等高性能計(jì)算函數(shù)庫(kù)，安裝CentOs,Ubuntu等多種操作系統(tǒng)，部署機(jī)器管理系統(tǒng)和作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)軟件刪除等管理功能。 ———————————————— 版權(quán)聲明：本文為博主原創(chuàng)文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版權(quán)協(xié)議，轉(zhuǎn)載請(qǐng)附上原文出處鏈接和本聲明。 原文鏈接：https://blog.csdn.net/HPC_factory/article/details/136835903 |
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