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貓喝可樂鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
qPCR問題求助
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想麻煩各位科研大佬幫忙看一下, 科研小白剛開始做qPCR差不多一個月, 也已經(jīng)跑出來過一些氮循環(huán)相關(guān)的基因如:noszⅠ、noszⅡ、nirK等, 目前在做的基因是amoA的古菌,但是遇到了一些問題解決不了, 已經(jīng)做過多次重復(fù)實(shí)驗(yàn),且qPCR程序是用之前師兄師姐設(shè)置好的, 且質(zhì)粒和引物也是之前師兄師姐使用后沒問題的(能跑出來), 目前的情況如下: 1、酶是takara的、引物是amoAF和amoAR這一對、稀釋質(zhì)粒是用的east dilution。 2、之前用AG的酶跑過,和Takara的情況一樣效率很高但雜帶很多。 3、考慮過是酶失活,但改進(jìn)后無變化;考慮引物不是一對,改進(jìn)后無變化。 4、考慮引物濃度太高導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增,跑pcr后發(fā)現(xiàn)條帶較為單一,有不明顯的引物二聚體。 5、在實(shí)驗(yàn)過程中的試管、水、槍頭等均是滅菌干凈的,且在無菌的通風(fēng)櫥中進(jìn)行操作。 6、目前是質(zhì)粒在擴(kuò)增以后仍是非單一主峰,且樣品也存在類似情況(如下圖-左側(cè)3列質(zhì)粒、右側(cè)3列樣品),故考慮應(yīng)該不是單純的質(zhì)粒問題。 7、發(fā)現(xiàn)稀釋質(zhì)粒在稀釋倍數(shù)比較低的時候(稀釋10、100、1000倍)溶解曲線的峰形單一且明顯,但隨稀釋倍數(shù)增加出現(xiàn)非單一峰 8、樣品基因豐度約在稀釋質(zhì)粒的3次方到5次方之間,且Takara的效率約在95-110之間。 p.s.下面為實(shí)驗(yàn)的結(jié)果,麻煩各位大佬看看有什么問題,萬分感謝! https://i.postimg.cc/kDP5F2cZ/20220406094707.jpg |
新蟲 (初入文壇)
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