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| 【懸賞金幣】回答本帖問(wèn)題，作者半夏小妖啊將贈(zèng)送您 5 個(gè)金幣 | |||
半夏小妖啊新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
請(qǐng)問(wèn)同一個(gè)菌，有多個(gè)基因片段，如何合并后用mega建樹(shù)？
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各位大佬，想問(wèn)一下，我手上有一個(gè)菌的三個(gè)不同基因片段的序列，分別是ITS4-5、β-tubulin的兩個(gè)序列、ef1-α的兩個(gè)序列，想要將這三個(gè)基因片段合并后，與相同合并后的模式基因一起mega建樹(shù)。 求助： 1.這三個(gè)基因片段用什么軟件、怎么弄才能合并在一起成為一個(gè)可建樹(shù)的序列？ 2.基因片段中，如its的4或5序列是隨便選的嗎？ 3.可否任意挑選三個(gè)基因中的任一序列，復(fù)制到記事本中后，成為一個(gè)序列再導(dǎo)入mega7，然后clustalw比對(duì)、手動(dòng)修正左右兩邊的序列、建樹(shù)？ 琢磨很久了，文獻(xiàn)上只說(shuō)進(jìn)行 序列合并 或 基因片段合并 啥解釋也沒(méi)有了  |
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- 專業(yè): 植物病理學(xué)
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先分別比對(duì)，掐頭去尾。然后可以使用excel合并，注意同一菌株的串聯(lián)（有個(gè)軟件叫phylosuite也可以）。之后可以當(dāng)做一個(gè)序列建樹(shù)。當(dāng)然最好指定每個(gè)基因起始位置，對(duì)每個(gè)基因選擇最優(yōu)模型后建ML樹(shù)或貝葉斯樹(shù)。NJ或MP樹(shù)對(duì)遠(yuǎn)緣序列容易出問(wèn)題 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
2樓2021-09-03 11:00:58
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