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半夏小妖啊新蟲 (初入文壇)
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[求助]
請問同一個菌，有多個基因片段，如何合并后用mega建樹？
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各位大佬，想問一下，我手上有一個菌的三個不同基因片段的序列，分別是ITS4-5、β-tubulin的兩個序列、ef1-α的兩個序列，想要將這三個基因片段合并后，與相同合并后的模式基因一起mega建樹。 求助： 1.這三個基因片段用什么軟件、怎么弄才能合并在一起成為一個可建樹的序列？ 2.基因片段中，如its的4或5序列是隨便選的嗎？ 3.可否任意挑選三個基因中的任一序列，復(fù)制到記事本中后，成為一個序列再導(dǎo)入mega7，然后clustalw比對、手動修正左右兩邊的序列、建樹？ 琢磨很久了，文獻上只說進行 序列合并 或 基因片段合并 啥解釋也沒有了  |
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先分別比對，掐頭去尾。然后可以使用excel合并，注意同一菌株的串聯(lián)（有個軟件叫phylosuite也可以）。之后可以當(dāng)做一個序列建樹。當(dāng)然最好指定每個基因起始位置，對每個基因選擇最優(yōu)模型后建ML樹或貝葉斯樹。NJ或MP樹對遠緣序列容易出問題 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2021-09-03 11:00:58
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