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mahoumeimei金蟲 (小有名氣)
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多條基因序列方向判斷
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請教一個小白問題。 我從NCBI上下載了一批基因序列，請問有什么方法可以迅速判斷這些序列的方向性嗎？以至于后面做OTU分析時，不會因為序列方向相反而出現(xiàn)錯誤的OTU分組結(jié)果。 |
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mahoumeimei
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3樓2020-09-17 22:07:31
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2樓2020-09-17 09:30:24
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4樓2020-09-18 08:57:52
mahoumeimei
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|
非常感謝你的回復(fù)！ 我現(xiàn)在的情況是，我下載了多條序列，需要通過軟件比對找到這些序列之間的相同區(qū)域以及差異區(qū)域。但是如果我比對時這些序列是正負(fù)鏈混在一起的，那么軟件只是客觀地顯示出這些序列的比對結(jié)果（我用的mega軟件比對），并不會自動在比對過程中調(diào)整序列成為正鏈/負(fù)鏈。而我也不清楚這些序列中哪些是正鏈/負(fù)鏈，所以就無法正確獲得相同/差異區(qū)域。 你建議的第一點，說將其與基因組進(jìn)行比對獲得信息，這對于我下載的多條序列來說，好像操作起來不是太合適呢（或者我沒有理解你說的操作步驟？）。查詢這個基因的基本信息，是哪個信息點會顯示出正負(fù)鏈呢？我好像在序列頁面沒看到相關(guān)信息耶。 還望指教！多謝多謝多謝！ |
5樓2020-09-18 14:22:44
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