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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 生物信息 » 多條基因序列方向判斷
| 查看: 3130 | 回復: 11 | ||
| 【懸賞金幣】回答本帖問題，作者mahoumeimei將贈送您 20 個金幣 | ||
mahoumeimei金蟲 (小有名氣)
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多條基因序列方向判斷
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請教一個小白問題。 我從NCBI上下載了一批基因序列，請問有什么方法可以迅速判斷這些序列的方向性嗎？以至于后面做OTU分析時，不會因為序列方向相反而出現(xiàn)錯誤的OTU分組結果。 |
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2樓2020-09-17 09:30:24
mahoumeimei
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3樓2020-09-17 22:07:31
4樓2020-09-18 08:57:52
mahoumeimei
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非常感謝你的回復！ 我現(xiàn)在的情況是，我下載了多條序列，需要通過軟件比對找到這些序列之間的相同區(qū)域以及差異區(qū)域。但是如果我比對時這些序列是正負鏈混在一起的，那么軟件只是客觀地顯示出這些序列的比對結果（我用的mega軟件比對），并不會自動在比對過程中調整序列成為正鏈/負鏈。而我也不清楚這些序列中哪些是正鏈/負鏈，所以就無法正確獲得相同/差異區(qū)域。 你建議的第一點，說將其與基因組進行比對獲得信息，這對于我下載的多條序列來說，好像操作起來不是太合適呢（或者我沒有理解你說的操作步驟？）。查詢這個基因的基本信息，是哪個信息點會顯示出正負鏈呢？我好像在序列頁面沒看到相關信息耶。 還望指教！多謝多謝多謝！ |
5樓2020-09-18 14:22:44
6樓2020-09-18 15:45:31
mahoumeimei
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7樓2020-09-18 16:18:51
8樓2020-09-18 16:26:20
mahoumeimei
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9樓2020-09-18 16:43:47
10樓2020-09-18 17:08:59
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