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好好學習HQ新蟲 (正式寫手)
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[求助]
Amber動力學模擬，含有配體-蛋白復合物作為受體的動力學載入及識別問題。 已有1人參與
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請教各位Amber大神，小弟在做動力學的時候遇到了一個問題，現(xiàn)在把問題拿出來，懇請各位大神給予指導，感激不盡。 問題：由于我的蛋白結(jié)合腔較大，，我自己合成的小分子結(jié)構(gòu)較小，分子對接后，我的小分子在空腔的某一處。如果做動力學，那么我的小分子在較大結(jié)合腔里變化，最后會導致最終的小分子構(gòu)象變化較大，因此，我考慮保留原始蛋白中含有的配體，讓該原始配體占據(jù)結(jié)合腔中一些空間，使得我合成的小分子在動力學的時候能夠被約束在較小的空間中進行變化。在載入蛋白(包含蛋白和原始配體的復合物)的時候，出現(xiàn)下面的問題，請各位大神給予指導，感激不盡。如果能夠連線幫我解決該問題，可以給予一定的紅包表示感謝。 1.png 2.png |
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2樓2021-11-26 18:27:52
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