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好好學(xué)習(xí)HQ新蟲 (正式寫手)
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[求助]
Amber動力學(xué)模擬，含有配體-蛋白復(fù)合物作為受體的動力學(xué)載入及識別問題。 已有1人參與
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請教各位Amber大神，小弟在做動力學(xué)的時候遇到了一個問題，現(xiàn)在把問題拿出來，懇請各位大神給予指導(dǎo)，感激不盡。 問題：由于我的蛋白結(jié)合腔較大，，我自己合成的小分子結(jié)構(gòu)較小，分子對接后，我的小分子在空腔的某一處。如果做動力學(xué)，那么我的小分子在較大結(jié)合腔里變化，最后會導(dǎo)致最終的小分子構(gòu)象變化較大，因此，我考慮保留原始蛋白中含有的配體，讓該原始配體占據(jù)結(jié)合腔中一些空間，使得我合成的小分子在動力學(xué)的時候能夠被約束在較小的空間中進(jìn)行變化。在載入蛋白(包含蛋白和原始配體的復(fù)合物)的時候，出現(xiàn)下面的問題，請各位大神給予指導(dǎo)，感激不盡。如果能夠連線幫我解決該問題，可以給予一定的紅包表示感謝。 1.png 2.png |
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2樓2021-11-26 18:27:52
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