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al597032982鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
酶與底物的模擬對(duì)接求助
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請(qǐng)問(wèn)在已知底物結(jié)合位點(diǎn)的情況下，如何使用模擬對(duì)接軟件實(shí)現(xiàn)復(fù)合構(gòu)象的模擬。 我用的是autodock，從文獻(xiàn)中查到我用的酶需要借助金屬離子吸附底物的焦磷酸基團(tuán)，文獻(xiàn)也報(bào)道了酶用來(lái)結(jié)合金屬離子的位點(diǎn)，但是在對(duì)接過(guò)程中總是不能對(duì)接到正確位置。 我是在uniprot上找的使用同種底物的酶，然后刪除酶的序列之后保留自帶金屬離子的底物，然后用這種底物和建模的酶做對(duì)接，所有對(duì)接結(jié)果中的金屬離子均未結(jié)合在文獻(xiàn)報(bào)道的位點(diǎn)，我也不知道這么操作是否可行，實(shí)驗(yàn)室沒(méi)有相關(guān)的實(shí)驗(yàn)背景，完全在摸索階段，想請(qǐng)教各位大佬該如何做這種需要金屬離子的底物對(duì)接，或者有沒(méi)有軟件能夠?qū)崿F(xiàn)選定一個(gè)位點(diǎn)的對(duì)接方式。  感謝感謝。 |
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3樓2020-07-17 19:01:55
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新蟲(chóng) (小有名氣)
2樓2020-07-17 19:01:47
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