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al597032982鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
酶與底物的模擬對接求助
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請問在已知底物結(jié)合位點的情況下,如何使用模擬對接軟件實現(xiàn)復(fù)合構(gòu)象的模擬。 我用的是autodock,從文獻中查到我用的酶需要借助金屬離子吸附底物的焦磷酸基團,文獻也報道了酶用來結(jié)合金屬離子的位點,但是在對接過程中總是不能對接到正確位置。 我是在uniprot上找的使用同種底物的酶,然后刪除酶的序列之后保留自帶金屬離子的底物,然后用這種底物和建模的酶做對接,所有對接結(jié)果中的金屬離子均未結(jié)合在文獻報道的位點,我也不知道這么操作是否可行,實驗室沒有相關(guān)的實驗背景,完全在摸索階段,想請教各位大佬該如何做這種需要金屬離子的底物對接,或者有沒有軟件能夠?qū)崿F(xiàn)選定一個位點的對接方式。 感謝感謝。 |
新蟲 (小有名氣)
新蟲 (小有名氣)
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