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airpaul金蟲 (小有名氣)
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質(zhì)譜數(shù)據(jù)中未注釋的蛋白如何確定功能和分析?
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各位蟲友大神,我在分析一些蛋白質(zhì)功能的時(shí)候遇到一些問題。現(xiàn)有一種鏈霉菌的質(zhì)譜數(shù)據(jù),但目前這個(gè)菌的基因組還沒有被注釋,質(zhì)譜結(jié)果只給出了蛋白序列的Accession號(hào),若想盡量多了解這個(gè)菌中的蛋白有哪些功能有哪些辦法?目前的想法是通過比對(duì)來注釋,但是比對(duì)結(jié)果的衡量標(biāo)準(zhǔn)好像沒有比較明確的規(guī)定,不太好把握。或者,從親緣關(guān)系比較近的菌,注釋信息多一點(diǎn)的入手,例如天藍(lán)色鏈霉菌(模式菌?)比對(duì)它的蛋白序列,得到所研究菌的蛋白信息,如何將研究菌質(zhì)譜結(jié)果中的蛋白序列同天藍(lán)色鏈霉菌的蛋白序列進(jìn)行批量比對(duì)?望有經(jīng)驗(yàn)的蟲友不吝賜教 |
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金蟲 (小有名氣)
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