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夏夏Dana新蟲 (初入文壇)
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[求助]
PCR擴增一直失敗 已有1人參與
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1、篩選到的菌株,NCBI鑒定菌種類型,最大相似度到達92%,查找目的基因根據(jù)ORF框設(shè)計引物,目標(biāo)片段1400多bp,一直擴增不出來。 2、一個菌株中,編碼同一個酶的基因有三種,僅擴增出一個,另外兩個一直擴增失敗。 請問如何優(yōu)化? |
木蟲 (著名寫手)
木蟲 (著名寫手)
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樓主你好,根據(jù)你的描述,我建議你首先檢查引物。 可以使用NCBI的primer-BLAST來評價你設(shè)計的引物是否足夠好。 如果引物的特異性沒有問題,并且不存在形成引物二聚體的問題,那么你需要考慮你是否使用了適合你引物的退火溫度。 一對好的引物,它們的Tm相差不大于5,并且GC含量相似(如果你加了限制性酶切位點,也要考慮進去)。一般的退火溫度是引物的Tm-5。 其次,你還需要檢查延伸時間。根據(jù)不同的聚合酶,它們的擴增速度不同,你需要根據(jù)你的目的片段的長度調(diào)整延伸時間。以上兩點可以參考你使用的聚合酶說明書來進行調(diào)整。 如果你有陽性對照的話(即提取自你BLAST匹配到的菌種的DNA),還可以試著做一個溫度梯度PCR,來測試不同的退火溫度,選擇其中更適合你的引物的條件。 此外,你說到“編碼同一個酶的基因有三種,僅擴增出一個”,意思是同一個物種當(dāng)中有三個等位基因? 它們的CDS序列兩端一樣嗎?如果不一樣需要根據(jù)不同的基因設(shè)計不同的引物。 預(yù)祝你成功。 ![]() 有問題歡迎繼續(xù)交流 |

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