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夏夏Dana新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
PCR擴(kuò)增一直失敗 已有1人參與
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1、篩選到的菌株,NCBI鑒定菌種類型,最大相似度到達(dá)92%,查找目的基因根據(jù)ORF框設(shè)計(jì)引物,目標(biāo)片段1400多bp,一直擴(kuò)增不出來(lái)。 2、一個(gè)菌株中,編碼同一個(gè)酶的基因有三種,僅擴(kuò)增出一個(gè),另外兩個(gè)一直擴(kuò)增失敗。 請(qǐng)問(wèn)如何優(yōu)化? |
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樓主你好,根據(jù)你的描述,我建議你首先檢查引物。 可以使用NCBI的primer-BLAST來(lái)評(píng)價(jià)你設(shè)計(jì)的引物是否足夠好。 如果引物的特異性沒(méi)有問(wèn)題,并且不存在形成引物二聚體的問(wèn)題,那么你需要考慮你是否使用了適合你引物的退火溫度。 一對(duì)好的引物,它們的Tm相差不大于5,并且GC含量相似(如果你加了限制性酶切位點(diǎn),也要考慮進(jìn)去)。一般的退火溫度是引物的Tm-5。 其次,你還需要檢查延伸時(shí)間。根據(jù)不同的聚合酶,它們的擴(kuò)增速度不同,你需要根據(jù)你的目的片段的長(zhǎng)度調(diào)整延伸時(shí)間。以上兩點(diǎn)可以參考你使用的聚合酶說(shuō)明書(shū)來(lái)進(jìn)行調(diào)整。 如果你有陽(yáng)性對(duì)照的話(即提取自你BLAST匹配到的菌種的DNA),還可以試著做一個(gè)溫度梯度PCR,來(lái)測(cè)試不同的退火溫度,選擇其中更適合你的引物的條件。 此外,你說(shuō)到“編碼同一個(gè)酶的基因有三種,僅擴(kuò)增出一個(gè)”,意思是同一個(gè)物種當(dāng)中有三個(gè)等位基因? 它們的CDS序列兩端一樣嗎?如果不一樣需要根據(jù)不同的基因設(shè)計(jì)不同的引物。 預(yù)祝你成功。 ![]() 有問(wèn)題歡迎繼續(xù)交流 |


木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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