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面包樹129新蟲 (小有名氣)
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膠回收后測(cè)序提示有高級(jí)結(jié)構(gòu)
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對(duì)PCR凝膠電泳使用天根生物試劑盒進(jìn)行膠回收，回收后送去測(cè)序，結(jié)果顯示雙鏈有高級(jí)結(jié)構(gòu)，一共測(cè)序4個(gè)樣，3個(gè)樣雙鏈有高級(jí)結(jié)構(gòu)，一個(gè)單鏈有高級(jí)結(jié)構(gòu)。之前不做膠回收直接將pcr樣品測(cè)序，從來(lái)沒有出現(xiàn)過這個(gè)情況。請(qǐng)問是不是膠回收過程導(dǎo)致這個(gè)結(jié)果，哪個(gè)步驟容易出現(xiàn)dna結(jié)構(gòu)變化 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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2樓2019-07-22 12:51:27
longyueling
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| 如果你用PCR樣品送到公司測(cè)序，公司會(huì)跑膠分離回收，由于生物公司做膠回收技術(shù)成熟且用的試劑也不差，所以結(jié)果會(huì)比較理想。您自己回收存在高級(jí)結(jié)構(gòu)的問題可能是由于您技術(shù)不嫻熟，中間存在引入高級(jí)結(jié)構(gòu)的步驟以及DNA被污染的風(fēng)險(xiǎn)，而且國(guó)產(chǎn)的試劑難免效果沒有進(jìn)口的好。建議您這邊做完膠回收后用1uL的樣品跑個(gè)鑒定膠，確定你回收的樣品大小和濃度合適你在寄到公司去。 |
3樓2019-08-07 16:30:40
面包樹129
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最近又進(jìn)行了兩次實(shí)驗(yàn)，膠回收之后跑電泳條帶很亮位置也正常，送樣測(cè)序后顯示27 F的單鏈全是高級(jí)結(jié)構(gòu)，懷疑是不是引物的問題，如果引物稀釋沒有使用新打的去離子水，會(huì)有這么大的影響嗎？另外引物干粉有可能超過1年了，但是反向引物也是同時(shí)合成的呀，為什么反向的測(cè)序結(jié)果正常呢，焦頭爛額中，還望您不吝賜教，謝謝。另外我們PCR的體系是50微升的，從電泳條帶亮度看這個(gè)量回收得到的產(chǎn)物濃度沒有問題 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
4樓2019-08-19 11:37:09
5樓2019-08-19 13:06:34
longyueling
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之前測(cè)序正常的時(shí)候用的引物也是你們自己合成的？那就不是引物設(shè)計(jì)的問題，你既然懷疑了就再稀釋一次測(cè)序看看結(jié)果驗(yàn)證一下。有的時(shí)候公司測(cè)序出現(xiàn)該問題確實(shí)會(huì)重新稀釋引物 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
6樓2019-08-19 22:27:43
面包樹129
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7樓2019-10-10 09:34:18
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