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分子對接和分子動力學模擬的區(qū)別？
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| 如題，請教各位大神，分子對接和分子動力學模擬的主要區(qū)別是什么呀？二者側(cè)重解決的問題分別主要是什么呢？ |
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YY_wu2樓2019-04-24 21:58:26
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分子對接主要分析預(yù)測結(jié)合位點，分子動力學是分析結(jié)合構(gòu)象穩(wěn)定性 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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3樓2019-04-25 13:39:53
4樓2019-04-25 16:31:42
5樓2019-04-25 16:33:07
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一代米喲
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- 專業(yè): 藥物設(shè)計與藥物信息
【答案】應(yīng)助回帖
| 簡單來說，分子對接給你提供了可能的粗糙的結(jié)合模式，因為對接過程中，受體是剛性的，溶劑是沒有的。分子動力學，則是整個體系都可運動起來，且考慮了溶劑效應(yīng)，從給定的初始構(gòu)象出發(fā)，對它進行模擬，尋找更合理的結(jié)合模式。因此，在這個層面上講，可以說分子動力學是高級的分子對接。要研究大分子與小分子的相互作用，常規(guī)流程是：先對接得到復(fù)合物，再跑動力學讓其充分適應(yīng)，獲得更合理更穩(wěn)定的構(gòu)象。分子動力學操作復(fù)雜、計算量大，比分子對接麻煩很多。不過，樓主可以搜索一下【蛋白/核酸/多肽-小分子對接(DOCK6)】和【分子動力學教程 分子動力學模擬（Amber 20）】計算教程，對原來的命令行操作做了Web開發(fā)，用瀏覽器就可以訪問使用，不用安裝任何軟件，操作非常簡單，分析功能非常強大，不妨試試。 |
7樓2021-12-03 15:37:26
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