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moretz銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
怎樣才能確定提取質(zhì)粒 是我的目標(biāo)基因? 已有1人參與
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各位大神,求教! 從文獻(xiàn)中查找了目標(biāo)基因的前后引物,然后從生工合成引物后,對(duì)實(shí)驗(yàn)室中活性污泥的DNA進(jìn)行擴(kuò)增,跑膠 結(jié)果跑出了亮條帶! 而后利用該泥樣的DNA進(jìn)行質(zhì)粒提取——vector載體培養(yǎng),固體培養(yǎng)基,藍(lán)白菌挑菌,液體培養(yǎng)基,然后特異性引物跑膠(跑出了對(duì)應(yīng)亮條帶),純化質(zhì)粒后, 又送去生工對(duì)質(zhì)粒進(jìn)行測(cè)序,現(xiàn)在問題來了! 測(cè)序結(jié)果是 特殊結(jié)構(gòu),我怎樣才能確定 我提的質(zhì)粒 是我的目標(biāo)基因呢?? 如何比對(duì)?是使用blast嗎? 非常感謝 快過年了 祝大家新年快樂阿 |

銅蟲 (初入文壇)
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3樓: Originally posted by moretz at 2019-01-25 21:16:25 非常感謝! 我用DNAstar的Seqman嘗試去掉vector的序列,但是我去掉之后 Amplicon size為242, 但是我的目的基因的Amplicon size為197,我比對(duì)之后的確發(fā)現(xiàn)了我的目的基因,但是ident為81, 是不是我沒有把載體序列 ... 你可以和blast出來的序列比較一下看看,是不是兩端不匹配造成的同源性差異,我用ncbi里面有一個(gè)vector 的工具,具體叫啥忘了,就在ncbi首頁(yè)或blast拉到最下面的一堆工具里。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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