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[求助]
求助師兄師姐，我怎么找要求基因然后下載并知道這些基因的關系并構建網(wǎng)絡呢？ 已有1人參與
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建立基因調(diào)控網(wǎng)絡(GRN) 在本工作中，使用來自以下Web服務器的公共可用基因表達數(shù)據(jù)構建模型GRN： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 從Homo sapiens中提取數(shù)據(jù)集，列出5個高表達基因和5個弱表達基因。確定這10個基因之間的相關性。 從Mus musculus中獲取第二個數(shù)據(jù)集，然后列出步驟1中發(fā)現(xiàn)的10個基因。確定這10個基因之間的相關性。 注：使用“cytoscape”確定網(wǎng)絡，并對兩個小網(wǎng)絡進行比較。 要求：簡要介紹每種基因的功能。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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銀蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 生物信息學
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
西門吹雪170: 金幣+5, 鼓勵熱心回帖交流 2019-02-25 22:00:43
西門吹雪170: 金幣+5, 鼓勵熱心回帖交流 2019-02-25 22:00:43
| 可以把數(shù)據(jù)做完功能分析再導入cytoscape里面作圖，關鍵是前面的數(shù)據(jù)有找完并分析好了嗎？前期對于GEO數(shù)據(jù)庫的搜索和挖掘一般要自己先定好標準，然后根據(jù)篩選要求選取自己需要的數(shù)據(jù)集，然后做一系列的數(shù)據(jù)指控，功能分析等等。如果數(shù)據(jù)已經(jīng)找完的話，也會敲一點點代碼，那么可以嘗試用R包來進行分析，網(wǎng)上教程非常多的。如果不太會敲代碼，那么只能用網(wǎng)絡上的一些在線分析軟件了，我之前用過omicsshare，小工具分的比較細致，可以更具需求來使用。還用過一個叫omicsbean的，這個里面整合了cytoscape的做圖功能，前期也可以轉(zhuǎn)化GEO的數(shù)據(jù)庫。就是用起來之前需要看一下操作教程，不然不知道怎么點，操作教程有的還看不太懂的話就打他們電話去問就行，技術支持還可以，希望對你有幫助 |
4樓2019-02-25 09:07:36
隨風入墨
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2樓2019-01-06 19:23:02
 本帖僅樓主可見 |
3樓2019-01-06 21:33:32
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