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是改改啊新蟲 (初入文壇)
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[求助]
求助師兄師姐，我怎么找要求基因然后下載并知道這些基因的關(guān)系并構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)呢？ 已有1人參與
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建立基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(GRN) 在本工作中，使用來自以下Web服務(wù)器的公共可用基因表達(dá)數(shù)據(jù)構(gòu)建模型GRN： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 從Homo sapiens中提取數(shù)據(jù)集，列出5個(gè)高表達(dá)基因和5個(gè)弱表達(dá)基因。確定這10個(gè)基因之間的相關(guān)性。 從Mus musculus中獲取第二個(gè)數(shù)據(jù)集，然后列出步驟1中發(fā)現(xiàn)的10個(gè)基因。確定這10個(gè)基因之間的相關(guān)性。 注：使用“cytoscape”確定網(wǎng)絡(luò)，并對(duì)兩個(gè)小網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行比較。 要求：簡(jiǎn)要介紹每種基因的功能。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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2樓2019-01-06 19:23:02
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3樓2019-01-06 21:33:32
醬油托兒所
銀蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
西門吹雪170: 金幣+5, 鼓勵(lì)熱心回帖交流 2019-02-25 22:00:43
西門吹雪170: 金幣+5, 鼓勵(lì)熱心回帖交流 2019-02-25 22:00:43
| 可以把數(shù)據(jù)做完功能分析再導(dǎo)入cytoscape里面作圖，關(guān)鍵是前面的數(shù)據(jù)有找完并分析好了嗎？前期對(duì)于GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的搜索和挖掘一般要自己先定好標(biāo)準(zhǔn)，然后根據(jù)篩選要求選取自己需要的數(shù)據(jù)集，然后做一系列的數(shù)據(jù)指控，功能分析等等。如果數(shù)據(jù)已經(jīng)找完的話，也會(huì)敲一點(diǎn)點(diǎn)代碼，那么可以嘗試用R包來進(jìn)行分析，網(wǎng)上教程非常多的。如果不太會(huì)敲代碼，那么只能用網(wǎng)絡(luò)上的一些在線分析軟件了，我之前用過omicsshare，小工具分的比較細(xì)致，可以更具需求來使用。還用過一個(gè)叫omicsbean的，這個(gè)里面整合了cytoscape的做圖功能，前期也可以轉(zhuǎn)化GEO的數(shù)據(jù)庫(kù)。就是用起來之前需要看一下操作教程，不然不知道怎么點(diǎn)，操作教程有的還看不太懂的話就打他們電話去問就行，技術(shù)支持還可以，希望對(duì)你有幫助 |
4樓2019-02-25 09:07:36
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