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【懸賞金幣】回答本帖問(wèn)題，作者HJieY將贈(zèng)送您 15 個(gè)金幣

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HJieY

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[求助] MD simulation之后處理ovito中遇到的問(wèn)題

前輩們，朋友們：
   你們好！
   我的研究方向是采用分子動(dòng)力學(xué)模擬硬脆性材料在納米加工中的材料去除機(jī)理及變形行為。最近在采用ovito嘗試對(duì)模擬結(jié)果進(jìn)行后處理時(shí)，出現(xiàn)了一些問(wèn)題不知如何解決，特別希望熱心的蟲(chóng)友可以為我釋惑。問(wèn)題如下：
   1、在ovito中進(jìn)行配位數(shù)分析，在視覺(jué)效果上感覺(jué)配位數(shù)設(shè)置無(wú)誤后（截?cái)喟霃轿以O(shè)置為稍大于鍵長(zhǎng)），進(jìn)行成鍵時(shí)卻發(fā)現(xiàn)配位數(shù)與中心原子的鍵數(shù)十分不一致，如5配位原子的中心原子鍵數(shù)應(yīng)為5才對(duì)，但鍵數(shù)卻表現(xiàn)的極為任意（0~5個(gè)），原子間沒(méi)有鍵居多，成5鍵的原子幾乎沒(méi)有，真的很奇怪；
   2、在SiC材料中，在Si原子和C原子成鍵時(shí)，C原子和C原子、Si原子和Si原子之間是否會(huì)成鍵呢？
   先行感謝致力于研究的你們，盼解惑！
                                                                                                                                                                                       一個(gè)在分子動(dòng)力學(xué)上處于迷茫的人兒

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1樓 2021-07-23 10:12:18

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看了文獻(xiàn)我大概理解了，文獻(xiàn)算的是有限的體系。你用ovito分析時(shí)可能需要把周期性關(guān)掉。
至于納米壓痕，我也沒(méi)做過(guò)，建議你直接寫(xiě)郵件給作者詢(xún)問(wèn)。

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8樓2021-07-29 23:20:40

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你用的是說(shuō)明modification，量過(guò)原子間距么

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HJieY

2樓2021-07-27 19:12:15

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2樓: Originally posted by get-it at 2021-07-27 19:12:15
你用的是說(shuō)明modification，量過(guò)原子間距么

前輩，
   你好！
   我量過(guò)原子間距，未成鍵的原子基本都是由于原子間距大于截?cái)喟霃�；我在生成鍵之前，將顯示效果設(shè)置為只顯示5配位原子，哦，怪不得，原來(lái)是這樣，5配位原子不一定非要和5配位原子才能成鍵。
   前輩我提的第二個(gè)問(wèn)題其實(shí)是針對(duì)SiC的徑向分布函數(shù)來(lái)說(shuō)的，RDF中的橫坐標(biāo)（原子間距）應(yīng)該是哪種鍵的長(zhǎng)度呢？是Si-C,Si-Si還是C-C呢？RDF圖我是這么做的，首先進(jìn)行配位數(shù)分析（根據(jù)鍵長(zhǎng)設(shè)置為2.5埃），根據(jù)配位數(shù)著色（配位數(shù)范圍3-7），然后通過(guò)表達(dá)式選取單個(gè)配位數(shù)（如配位數(shù)為5）的原子群，再次進(jìn)行配位數(shù)分析，設(shè)置截?cái)喟霃綖?埃，得到RDF；但是我所生成的單配位數(shù)徑向分布函數(shù)峰值與我所讀論文中的相比，直接打了3個(gè)數(shù)量級(jí)，我有點(diǎn)犯傻了，難道是我生成RDF的方法不正確嗎？
   十分期待您的回復(fù)！
                                                                                                                                                                                                                                                      迷茫蟲(chóng)友

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人在塔在

3樓2021-07-28 09:02:30

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為什么要單獨(dú)選擇配位數(shù)為5的原子畫(huà)rdf?文獻(xiàn)也是這個(gè)流程嗎？你自己都沒(méi)搞懂問(wèn)題在哪，你得把文獻(xiàn)看明白了。

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4樓2021-07-28 17:10:42

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