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承接實(shí)驗(yàn)外包鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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研究生必須掌握的:qPCR引物設(shè)計(jì)原則
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引物設(shè)計(jì)是定量PCR中的關(guān)鍵,引物的好壞會(huì)直接影響最終的結(jié)果,今天跟各位小伙伴分析qPCR引物設(shè)計(jì)的原則: 圖片 1.引物長(zhǎng)度:一般引物長(zhǎng)度在15-30堿基之間,引物長(zhǎng)度過(guò)短可能導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增,過(guò)長(zhǎng)可能形成二級(jí)結(jié)構(gòu)或影響Taq DNA聚合酶的延伸效率。 2.GC含量的要求:GC含量是指引物中鳥(niǎo)嘌呤(G)和胞嘧啶(C)堿基的比例。GC含量在40%-60%之間為宜,過(guò)高或過(guò)低都不利于PCR反應(yīng)的引發(fā)和延伸。 3.Tm值:Tm值是指引物在特定鹽濃度條件下,50%雙鏈解鏈的溫度。上下游引物的Tm值相差最好不超過(guò)3℃(一般在55℃-60℃之間)。 4.堿基選擇:3'端最好選擇T堿基,因?yàn)門(mén)在錯(cuò)配情況下的引發(fā)效率較低。避免選擇A堿基,因?yàn)锳在錯(cuò)配時(shí)也能有效引發(fā)鏈的合成;避免3'端連續(xù)出現(xiàn)3個(gè)以上的G或C堿基,以防止引物在GC富集序列區(qū)錯(cuò)誤引發(fā)。 5.堿基隨機(jī)分布:引物序列中的堿基應(yīng)隨機(jī)分布,避免出現(xiàn)聚嘌呤(如GGGG)或聚嘧啶(如CCCC)的現(xiàn)象,以減少非特異性擴(kuò)增的可能性。 6.避免二級(jí)結(jié)構(gòu):引物自身及引物之間不應(yīng)存在互補(bǔ)序列,以避免形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)或引物二聚體。這些二級(jí)結(jié)構(gòu)會(huì)影響引物與模板的復(fù)性結(jié)合,降低PCR反應(yīng)效率。 圖片 7.擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度:擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度應(yīng)控制在80-300 bp之間,其中80-150 bp最為合適。過(guò)長(zhǎng)的產(chǎn)物可能會(huì)影響擴(kuò)增效率,增加非特異性擴(kuò)增的風(fēng)險(xiǎn);而過(guò)短的產(chǎn)物則可能難以準(zhǔn)確檢測(cè)和分析。 8. 特異性檢測(cè): 引物設(shè)計(jì)完成后,應(yīng)進(jìn)行BLAST檢測(cè)等特異性驗(yàn)證步驟,以確保引物與其他基因不具有互補(bǔ)性,從而提高引物的特異性,有助于減少非特異性擴(kuò)增和假陽(yáng)性結(jié)果的發(fā)生。 |
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