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國自然熱點 | 巨噬細胞，妥妥的發(fā)文法寶，輕松拿捏12分
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巨噬細胞是免疫系統(tǒng)中的重要細胞，屬于白細胞的一種，主要功能是吞噬和消滅體內的異物、死亡細胞和病原體，同時在免疫調節(jié)、炎癥反應以及組織修復中也扮演著重要角色。 對其的研究主要圍繞其在疾病中的作用、調節(jié)機制以及如何利用巨噬細胞進行疾病治療等方面展開。作為常年霸榜國自然的研究方向一直熱度不減，今天分享一篇剛發(fā)表的IF12+的相關機制文章。 CEBPB+膠質母細胞瘤亞群特異性驅動M2型腫瘤相關巨噬細胞的形成以促進惡性腫瘤生長 數據 單細胞隊列：GSE117891； Bulk隊列: CGGA、GlioVis、TCGA數據庫； 空間轉錄組隊列：GSE235672 結果 1、M2型巨噬細胞富集與膠質瘤的惡性進展相關 （A）膠質瘤單細胞圖譜。（B）餅圖顯示了不同膠質瘤患者中非腫瘤細胞的分布。（C）直方圖顯示了14名膠質瘤患者中M2型TAM在所有非腫瘤細胞中所占的百分比。（D）TCGA GBMLGG隊列中M2型巨噬細胞浸潤評分與膠質瘤的惡性進展相關。 2、識別M2型巨噬細胞相關的膠質瘤簇 （A）對所有膠質瘤細胞進行分析得到13個細胞簇。（B）13個膠質瘤亞簇標記基因表達模式。（C）51個腫瘤區(qū)域中不同膠質瘤亞簇與M2型TAM之間Spearman相關性（D）14名膠質瘤患者中簇6細胞比例。（E）MIA分析示意圖。（F）3個GBM組織空間轉錄組分析（HE染色，空間轉錄組聚類）。（G）3個組織不同區(qū)域中M2評分與膠質瘤亞簇富集評分之間的Spearman相關性。（H）3個GBM組織各區(qū)域中M2型巨噬細胞、膠質瘤簇6和膠質瘤簇1的ssGSEA富集評分。 3、GBM中亞簇6的生物學特性分析 （A）各簇前50標記基因平均值。膠質瘤亞簇6中標記基因的GO、KEGG和標志性通路的功能富集。（B）不同膠質瘤簇中單核細胞趨化蛋白表達。（C）發(fā)育推斷分析顯示了細胞狀態(tài)的動態(tài)變化，箭頭指示細胞狀態(tài)轉變的方向。（D）所有膠質瘤細胞中簇9、亞簇1和簇6的標記基因。（E）所有膠質瘤細胞的擬時序分析。根、簇1和簇6的軌跡。（F）從根到簇1和簇6發(fā)育過程中基因的表達模式。（G）簇6基因模塊中GO功能富集分析。 4、CEBPB可作為GBM簇6中的一個特異性轉錄因子調控組 （A）基于二元調控子活性的新t-SNE分析。（B）二元調控子活性矩陣識別出不同膠質瘤簇中的主調控轉錄因子調控組。右側為簇6的主要調控轉錄因子調控組，以及它們調控的基因數量及這些調控組相關的GO、KEGG和標志性通路的功能富集。（C）簇6中22個轉錄因子調控組的ssGSEA富集評分。（D）13個膠質瘤亞簇中22個轉錄因子的相對mRNA表達水平。（E）13個膠質瘤簇中CEBPB調控組的表達分布及CEBPB的表達。（F）TCGA GBM和Gravendeel-GBM隊列CEBPB表達生存分析。（G）TCGA GBM隊列亞型中CEBPB的表達。（H）TCGA GBM隊列IDH1狀態(tài)分組中CEBPB表達。 5、GCEBPB可調節(jié)TAMs的募集（A）正常組織、GBM細胞系和原發(fā)性GBM中CEBPB的相對mRNA表達水平（qPCR）。（B）GBM細胞中CEBPB表達的免疫印跡分析（上），通過慢病毒感染GBM細胞并轉導非靶向shRNA（shNT）或CEBPB shRNA（shCEBPB）后的CEBPB表達分析（下）。（C）shNT或shCEBPB的GBM細胞以及GBM727-Vector、GBM727-CEBPB-OE中CCL2相對mRNA表達水平。（D）M0巨噬細胞體外遷移實驗。（E）M0巨噬細胞向GBM條件培養(yǎng)基遷移的情況。（F）對（E）的圖形分析顯示，向表達shCEBPB的GBM條件培養(yǎng)基遷移的巨噬細胞數量顯著減少。（G）巨噬細胞體外M2極化的示意圖。（H）WB和（I）qPCR檢測在GBM條件培養(yǎng)基中處理72小時的M0巨噬細胞中M2標志物以及總巨噬細胞標志物IBA1的表達。 6、GCEBPB可觸發(fā)TAMs向M2極化以促進惡性腫瘤的生長 （A）CEBPB在體內觸發(fā)TAMs向M2極化的實驗設計。（B）-（E）對來源于表達shNT對照或shCEBPB的U251和A1207的GBM異種移植瘤中的M2型TAM標志物（CD206和CD163）（綠色）和泛巨噬細胞標志物Iba1（紅色）進行免疫熒光染色。直方圖顯示來源于表達shNT或shCEBPB的U251和A1207的異種移植瘤中M2型TAM的密度和比例。（F）-（H）展示了移植后第14天、21天和28天的代表性圖像。 7、CEBPB在CEBPB+GBM簇中轉錄靶向SPP1，通過整合素αvβ1-Akt信號通路誘導TAMs向M2極化 （A）M2型TAMs與13個膠質瘤簇之間細胞通訊。（B）CEBPB+GBM亞群與M2型TAMs之間潛在的配體-受體相互作用。（C）推斷的SPP1信號通路網絡和SPP1-（ITGAV+ITGB1）相互作用網絡。（D）SPP1表達分布，以及（E）SPP1在各膠質瘤簇中的表達。（F）TCGA GBM和CGGA-GBM隊列中SPP1生存分析。（G）TCGA GBM隊列不同亞型SPP1的表達差異。（H）TCGA GBM隊列IDH1狀態(tài)分組SPP1表達差異。（A）13個GBM隊列中CEBPB與SPP1表達相關性。（B）IGV可視化展示了不同級別膠質瘤的ATAC-seq和不同不同細胞系中CEBPB在SPP1啟動子區(qū)域的ChIP-seq。紅色框表示SPP1啟動子區(qū)域中預測的CEBPB基序結合位點。（C）預測的SPP1啟動子區(qū)域中的CEBPB基序。CUT&RUN-qPCR和凝膠電泳顯示轉錄因子CEBPB直接結合到SPP1的啟動子區(qū)域。（D）qPCR顯示U251（shNT，shCEBPB）、A1207（shNT，shCEBPB）和GBM727（Vector，CEBPB-OE）中SPP1的mRNA表達水平。（E）使用ELISA分析U251、A1207和GBM727在48小時時SPP1產生的變化。（F）免疫印跡分析顯示，用A1207 GBM條件培養(yǎng)基和200ng/ml rSPP1蛋白處理72小時的M0巨噬細胞中M2巨噬細胞標志物的表達。（G）空間轉錄組數據證明了CEBPB-SPP1-整合素αvβ1-M2軸的共定位。（H）免疫印跡分析顯示表達si-整合素αv或si-整合素β1的M0巨噬細胞中M2巨噬細胞標志物和Akt磷酸化（Ser473）的表達。(I) 對用GBM條件培養(yǎng)基（GBM737-NT CM和GBM737-CEBPB-OE CM）和ASK8007處理的M0巨噬細胞進行M2巨噬細胞標志物的免疫印跡分析。(J) 移植后第7天、第14天和第21天的代表性圖像（上）；對21天內的相對熒光素酶信號進行量化（下）。(K) 攜帶GBM727來源異種移植物的小鼠的生存曲線。多重免疫熒光（L）的代表性圖像和統(tǒng)計數據（M）顯示了GBM727中SPP1+、整合素αvβ1+、CD163+、P-Akt+ M2 TAMs的相對細胞數量。(N) 在CGGA-GBM隊列中不同組之間M2巨噬細胞浸潤評分的差異。(O) 在CGGA-GBM和Gravendeel-GBM隊列中，對3個定義組生存分析。 |
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tzynew2樓
2024-08-07 08:57
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庚辰辛丑3樓
2024-08-07 09:08
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zusn4樓
2024-08-07 09:12
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2024-08-07 10:45
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nono20096樓
2024-08-07 18:17
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生物醫(yī)藥實驗外?金幣+1): 謝謝參與
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