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yexuqing木蟲之王 (文學(xué)泰斗)
太陽系系主任
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全球宏基因組學(xué)揭示功能性暗物質(zhì)
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全球宏基因組學(xué)揭示功能性暗物質(zhì) 希臘基礎(chǔ)生物醫(yī)學(xué)研究所副教授Georgios Pavlopoulos等通過全球宏基因組學(xué)揭示了功能性暗物質(zhì)。相關(guān)研究成果10月11日發(fā)表于《自然》。 研究人員開發(fā)了一種計算方法，從宏基因組的序列空間生成無參考蛋白家族。他們分析了26931個宏基因組，鑒定出11.7億個長度超過35個氨基酸的蛋白質(zhì)序列，與來自102491個參考基因組或Pfam數(shù)據(jù)庫的任何序列沒有相似性。 使用大規(guī)模并行圖基聚類技術(shù)，研究人員將這些蛋白質(zhì)分組到106198個超過100個成員的新序列中，這比利用相同方法從參考基因組聚類得到的蛋白質(zhì)家族數(shù)量翻了一番。 研究人員根據(jù)它們的分類、棲息地、地理和基因鄰近分布對其進(jìn)行了注釋，在序列多樣性充足的情況下預(yù)測了蛋白質(zhì)的三維模型，并揭示了新的結(jié)構(gòu)。 總的來說，這些結(jié)果揭示了一個極其多樣化的功能空間，并突出了進(jìn)一步探索微生物功能暗物質(zhì)的重要性。 宏基因組編碼了多種多樣的蛋白質(zhì)，反映出多種功能和活性。對這一巨大序列空間的探索來自對參考微生物基因組和這些基因組的蛋白質(zhì)家族的比較分析。 相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1038/s41586-023-06583-7 |
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