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cyf2277新蟲 (初入文壇)
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生物信息學(xué)案例：單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄分析
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【生物信息學(xué)】 隨著生物科技的飛速發(fā)展，生物信息學(xué)這一跨學(xué)科領(lǐng)域逐漸嶄露頭角。生物信息學(xué)是一門致力于研究生物數(shù)據(jù)的科學(xué)，涵蓋了基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)等多個領(lǐng)域。通過生物信息學(xué)的方法，我們可以深入挖掘生物數(shù)據(jù)背后的規(guī)律，為疾病診斷、新藥研發(fā)、生態(tài)保護(hù)等領(lǐng)域提供有力支持。 【notebook collection】 然而，生物信息學(xué)的學(xué)習(xí)與實踐過程中，人們往往會遇到一些困難： 1. 初學(xué)者很難找到一個系統(tǒng)地能邊學(xué)邊練的平臺； 2. 常用者在處理版本沖突、快速跑通特定方法時，缺乏一個高效的平臺； 3. 論文發(fā)表者無法方便地將論文和代碼環(huán)境打包在一起進(jìn)行傳播。 為了解決這些問題，我們推出了生物信息學(xué) notebooks 系列—— 對于生物信息學(xué)人來說，你可以方便的使用在線 notebook 涵蓋從學(xué)習(xí)、使用到傳播的全過程。我們將在notebook案例廣場：https://nb.bohrium.dp.tech 整理一系列的生物信息學(xué)教程，讓你輕松掌握生物信息學(xué)的精髓，成為實實在在的達(dá)人！你可以在案例廣場通過搜索「生物信息學(xué)」來快速找到生物信息學(xué)系列 notebooks。 【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析 notebook】 今天，作為這個系列的第一步，我們要向大家推薦一個單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的 notebook：《一篇notebook帶你走進(jìn)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析》，這個 notebook 的內(nèi)容包括以下三個部分： 1. 尋找狀態(tài)轉(zhuǎn)變過程中的基因聚類：通過對單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類分析，一窺不同狀態(tài)轉(zhuǎn)變過程中的基因表達(dá)奧秘。 2. 尋找聚類中的標(biāo)記基因：找到這些聚類中的標(biāo)記基因，讓我們更加深入地了解細(xì)胞之間的關(guān)系及其功能變化。 3. 擬時序計算：通過擬時序計算，我們可以對單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行時間序列分析，進(jìn)而揭示細(xì)胞狀態(tài)變化的動態(tài)過程。 這三個部分共同構(gòu)成了一個完整的單細(xì)胞分析流程，點擊notebook鏈接：https://nb.bohrium.dp.tech/detail/1291，立即了解單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析。未來，我們將推出更多的單細(xì)胞系列 notebooks，以及“基礎(chǔ)生信系列教程”、“空間組學(xué)系列教程”、“作圖系列教程”等。我們相信這個系列將成為你在生物信息學(xué)道路上的得力助手！ 【其它單細(xì)胞系列案例】 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析方法之?dāng)?shù)學(xué)原理初覽：https://nb.bohrium.dp.tech/detail/1295 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析方法實戰(zhàn)之shalek2013：https://nb.bohrium.dp.tech/detail/1296 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析實戰(zhàn)之macaulay2016：https://nb.bohrium.dp.tech/detail/1297 細(xì)胞動力學(xué)模型探索之cellbox：https://nb.bohrium.dp.tech/detail/1298 歡迎關(guān)注我們的微信公眾號nbhub，獲取更多有趣的 notebook 實踐～感興趣的童鞋可以查看原文并加入生物信息學(xué)討論群：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz ... p;amp;lang=zh_cn#rd |
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