 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1689 | 回復: 4 | |||
[交流]
計算機輔助藥物設計(CADD)如何入手,速看(包含gromacs)... 已有3人參與
|
|
cadd蛋白結(jié)構(gòu)分析、虛擬篩選、分子對接（蛋白-蛋白、蛋白-多肽） 第一天上午 生物分子互作基礎 1.生物分子相互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子對接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白對接研究分子相互作用 蛋白數(shù)據(jù)庫 1. pdb 數(shù)據(jù)庫介紹 1.1 pdb蛋白數(shù)據(jù)庫功能 1.2 pdb蛋白數(shù)據(jù)可獲取資源 1.3 pdb蛋白數(shù)據(jù)庫對藥物研發(fā)的重要性 2.pdb 數(shù)據(jù)庫的使用 2.1 靶點蛋白結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及下載 2.2 靶點蛋白結(jié)構(gòu)序列下載 2.3 靶點蛋白背景分析 2.4 相關數(shù)據(jù)資源獲取途徑 2.4 批量下載蛋白晶體結(jié)構(gòu) 第一天下午 蛋白結(jié)構(gòu)分析 1. pymol 軟件介紹 1.1 軟件安裝及初始設置 1.2 基本知識介紹（如氫鍵等） 2.pymol 軟件使用 2.1蛋白小分子相互作用圖解 2.2 蛋白蛋白相互作用圖解 2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢表示 2.4蛋白及小分子結(jié)構(gòu)疊加及比對 2.5繪相互作用力 2.6 pymol動畫制作實例講解與練習： （1）尼洛替尼與靶點的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并導出結(jié)合模式圖 （2）制作結(jié)合口袋表面圖 （3）bcr/abl靶點的pdb結(jié)構(gòu)疊合 （4）制作蛋白相互作用動畫 （5）針對ace2和新冠病毒spike的蛋白晶體復合物，制作蛋白-蛋白相互作用 第二天上午 同源建模 1. 同源建模原理介紹 1.1 同源建模的功能及使用場景 1.2 同源建模的方法 2. swiss-model 同源建模； 2.1 同源蛋白的搜索（blast等方法） 2.2 蛋白序列比對 2.3 蛋白模板選擇 2.4 蛋白模型搭建 2.5 模型評價（蛋白拉曼圖） 2.6 蛋白模型優(yōu)化 實例講解與練習：用2019-ncov spike蛋白序列建模，根據(jù)相應參數(shù)和方法評價模型 第二天下午 小分子構(gòu)建 1. chemdraw軟件介紹 1.1小分子結(jié)構(gòu)構(gòu)建 1.2 小分子理化性質(zhì)（如分子量、clogp等）計算 實例講解與練習：分別構(gòu)建大環(huán)、氨基酸、dna、rna等分子 小分子化合物庫 1. 小分子數(shù)據(jù)庫 1.1 drugbank、zinc、chembl等數(shù)據(jù)庫介紹及使用 1.2 天然產(chǎn)物、中藥成分數(shù)據(jù)庫介紹及使用 第三天上午 生物分子相互作用Ⅰ 1. 分子對接基礎 分子對接原理及對接軟件介紹 2. 分子對接軟件（autodock) 使用 2.1半柔性對接 2.1.1 小分子配體優(yōu)化準備 2.1.2 蛋白受體優(yōu)化及坐標文件準備 2.1.3 蛋白受體格點計算 2.1.4 半柔性對接計算 2.2對接結(jié)果評價 2.2.1 晶體結(jié)構(gòu)構(gòu)象進行對比 2.2.2 能量角度評價對接結(jié)果 2.2.3 聚類分析評價對接結(jié)果 2.2.4 最優(yōu)結(jié)合構(gòu)象的選擇 2.2.5 已知活性化合物對接結(jié)果比較 實例講解與練習：激酶bcr/abl靶點抑制劑的半柔性對接 第三天下午 生物分子相互作用ii 2.3柔性對接 2.3.1 小分子配體優(yōu)化準備 2.3.2 蛋白受體優(yōu)化及坐標文件準備 2.3.3 蛋白受體格點計算 2.3.4 柔性對接計算及結(jié)果評價 2.3.6 半柔性對接與柔性對接比較與選擇 實例講解與練習：bcr/abl靶點抑制劑的柔性對接 虛擬篩選 3. 分子對接用于虛擬篩選（autodock） 3.1 虛擬篩選定義、流程構(gòu)建及演示 3.2 靶點蛋白選擇、化合物庫獲取 3.3虛擬篩選 3.4 結(jié)果分析（打分值、能量及相互作用分析） 實例講解與練習：bcr/abl靶點抑制劑的虛擬篩選 小分子格式轉(zhuǎn)換 1. openbabel的介紹和使用 1.1 openbabel軟件介紹 1.2 小分子結(jié)構(gòu)類型 1.3 小分子結(jié)構(gòu)類型轉(zhuǎn)換 答疑 針對前三天學習問題的答疑 第四天上午 拓展對接使用場景（上） 1.蛋白-蛋白大分子對接 1.1蛋白-蛋白對接的應用場景 1.2相關程序的介紹 1.3 受體和配體蛋白前期優(yōu)化準備 1.4 載入受體和配體分子 1.5蛋白蛋白相互作用對接位點設定 1.6蛋白蛋白對接結(jié)果分析與解讀 實例講解與練習：新冠病毒spike蛋白及宿主蛋白ace2的對接 2.蛋白-多肽對接 2.1蛋白-多肽相互作用簡介 2.2蛋白-多肽分子預處理 2.3蛋白-多肽分子對接 2.4對接結(jié)果展示與分析 實例講解與練習：新冠靶點3cl與多肽/類多肽抑制劑的對接 3.含金屬離子的蛋白靶點與小分子對接 3.1 金屬酶蛋白-配體的相互作用介紹 3.2相關蛋白及配體分子的收集與預處理 3.3金屬離子的處理與準備 3.4金屬輔酶蛋白-配體的對接 3.5對接結(jié)果展示與分析 實例講解與練習：基質(zhì)金屬蛋白酶mmp及其抑制劑對接 第四天下午 拓展對接使用場景（下） 4.小分子與小分子對接 4.1小分子-小分子相互作用簡介 4.2小分子結(jié)構(gòu)預處理 4.3小分子-小分子對接 4.4對接結(jié)果展示與分析 實例講解與練習：環(huán)糊精與藥物小分子的對接 5.核酸-小分子對接 5.1核酸-小分子的應用場景 5.2核酸-小分子相互作用簡介 5.3核酸-小分子的預處理 5.4核酸-小分子對接 5.5相關結(jié)果的展示與分析 實例講解與練習：dna g-四鏈體和配體分子對接 6.共價對接 6.1共價對接的原理及應用場景 6.2蛋白和共價結(jié)合配體的預處理 6.3藥物分子與靶蛋白的共價對接 6.6相關結(jié)果的展示與分析 實例講解與練習：激酶靶點egfr抑制劑的共價對接 第五天上午 基于碎片藥物設計 1. 基于碎片藥物設計 1.1基于碎片的藥物設計與發(fā)現(xiàn) 1.2 基于碎片化合物庫構(gòu)建 1.2.1 骨架替換 1.2.2 碎片連接 1.2.3 碎片生長 1.3 基于藥效團的化合物庫生成 1.4 基于蛋白結(jié)合口袋的化合物庫生成 1.5 基于分子描述符的化合物庫生成 1.6 基于breed規(guī)則的化合物庫構(gòu)建 生成小配體碎片庫 1.7 基于碎片的化合物庫篩選 實例講解與練習：基于片段的bcr/abl靶點抑制劑優(yōu)化與改造 第五天下午 構(gòu)效關系分析 1. 3d-qsar模型構(gòu)建（sybyl軟件） 1.1 小分子構(gòu)建 1.2 創(chuàng)建小分子數(shù)據(jù)庫 1.3 小分子加電荷及能量優(yōu)化 1.4 分子活性構(gòu)象確定及疊合 1.5 創(chuàng)建3d-qsar模型 1.6 comfa和comsia模型構(gòu)建 1.7 測試集驗證模型 1.8 模型參數(shù)分析 1.9 模型等勢圖分析 1.10 3d-qsar模型指導藥物設計 實例講解與練習：激酶靶點bcr/abl抑制劑的構(gòu)效關系模型構(gòu)建與活性預測 第六天全天 分子動力學模擬 1. 分子動力學簡介（gromacs軟件） 1.1分子動力學基本原理 1.2 linux 系統(tǒng)介紹 1.3 分子動力學軟件介紹（gromacs） 2. gromacs 進行分子動力學模擬 2.1 配體分子的處理 2.2 蛋白結(jié)構(gòu)的處理 2.3 修改蛋白坐標文件 2.4修改拓撲文件 2.5構(gòu)建盒子并放入溶劑 2.6平衡系統(tǒng)電荷 2.7能量最小化 2.8 nvt平衡 2.9 npt平衡 2.10 產(chǎn)出動力學模擬 3. 分子動力學結(jié)果分析 3.1軌跡文件觀察 3.2能量數(shù)據(jù)作圖 3.3 軌跡修正處理 3.4 回旋半徑分析 3.5 計算蛋白構(gòu)象的rmsd 變化 3.6計算原子位置的rmsf變化 3.7 蛋白配體構(gòu)象聚類 3.8蛋白配體相互作用氫鍵分析 3.9 蛋白配體相互作用能分析 實例講解與練習： （1）水中的溶菌酶純蛋白模擬 （2）t4溶菌酶及配體復合物模擬 答疑 針對后三天學習問題的答疑  了解更多 請關注公眾號：第一性原理計算與應用 |
回復此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實驗中的趣事：實驗器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗中的趣事：和實驗材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復
-
化學工程及工業(yè)化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有260人回復
-
蛋白質(zhì)檢測：精準分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴謹設計，解析生命機制的重要載體
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標南京
已經(jīng)有0人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
2樓2023-05-03 20:02:17
3樓2023-05-04 09:27:38
4樓2023-05-08 09:44:54
b3478518
木蟲 (著名寫手)
- 應助: 18 (小學生)
- 金幣: 15208.5
- 散金: 10
- 紅花: 1
- 帖子: 2563
- 在線: 43.7小時
- 蟲號: 1321480
- 注冊: 2011-06-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 宇宙學
5樓2023-06-08 06:29:51
相關版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 科研小生k 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085600材料與化工，一志愿廣州985，求調(diào)劑 +3 | qqyyaill 2026-03-05 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 332材料求調(diào)劑 +3 | zjy101327 2026-03-05 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 泡了個椒 2026-03-04 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 沒上岸的看過來 +3 | tangxiaotian 2026-03-01 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +3 | 曼殊2266 2026-03-05 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請]
 成果系統(tǒng)訪問量大，請15分鐘后再嘗試。由此給您造成的不便，敬請諒解。
+14
|
xhuama 2026-03-02 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 化學專業(yè)調(diào)劑 +3 | 好好好1233 2026-03-04 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿清華深研院材料專碩294分，專業(yè)課111分，本科中南大學材料，有六級，有工作經(jīng)驗 +3 | H14528 2026-03-04 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600材料調(diào)劑 總分330 +5 | 池池丶 2026-03-03 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 286 +6 | ksncj 2026-03-04 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 267化工調(diào)劑求助 +5 | 聰少OZ 2026-03-04 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +7 | 哇塞王帥 2026-03-03 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0857求調(diào)劑 +4 | CDDD1013 2026-03-04 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +3 | 我是小小蔥蔥 2026-03-03 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +6 | 好運連綿不絕 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +7 | 明遠求學 2026-03-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料085601調(diào)劑 +5 | 多多子. 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 化工專碩342，一志愿大連理工大學，求調(diào)劑 +6 | kyf化工 2026-02-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +3 | cgyzqwn 2026-03-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +4 | 73372112 2026-02-28 | 6/300 |
|