 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 926 | 回復(fù): 2 | |||
小迷糊栗子新蟲 (初入文壇)
|
[交流]
cell子刊發(fā)表Nanopore Direct RNA測序揭示蜂王和工蜂發(fā)育過程中RNA 加工復(fù)雜性文章 已有2人參與
|
|
文獻(xiàn)解讀 | cell子刊發(fā)表Nanopore Direct RNA測序揭示蜂王和工蜂發(fā)育過程中RNA 加工復(fù)雜性文章 近日，貝納基因合作項目：蜜蜂Direct RNA測序研究成果以“Extent and complexity of RNA processing in honey bee queen and worker caste development”為題，在《Cell》子刊《iScience》期刊上發(fā)表。本項目由貝納基因攜手江西農(nóng)業(yè)大學(xué)等多家單位共同合作完成。 文章概述 蜜蜂蜂王和工蜂來自于相同的受精卵，因幼蟲期食物營養(yǎng)水平不同而分化為兩種不同的表型。這一現(xiàn)象稱為“級型分化”，是表觀遺傳學(xué)的典型模型。該研究采用Nanopore Direct RNA 測序（DRS）技術(shù)發(fā)現(xiàn)蜂王和工蜂在幼蟲發(fā)育過程中存在十分復(fù)雜的RNA加工和修飾過程。該研究首次發(fā)現(xiàn)蜜蜂級型分化過程受到了更為精確的轉(zhuǎn)錄本表達(dá)差異調(diào)控，并證明這些差異的轉(zhuǎn)錄本來自于一個非常靈活多變且復(fù)雜的可變剪切加工系統(tǒng)。同時，該研究首次發(fā)現(xiàn)每條轉(zhuǎn)錄本的Poly(A)尾可以通過負(fù)調(diào)控轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)來參與調(diào)控蜜蜂的級型分化。該研究不僅深入解析了蜜蜂級型分化過程中復(fù)雜的RNA加工和修飾，也為其它動物的表型可塑性研究以及其內(nèi)在的分子調(diào)控機制提供了科學(xué)借鑒。 主要結(jié)果 1. Direct RNA 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量 作者分別選取了2日齡、4日齡和6日齡的蜂王和工蜂幼蟲樣本，各2個生物學(xué)重復(fù)，使用 DRS分別對12個樣品進(jìn)行建庫測序。每個樣本的平均clean reads數(shù)為5,416,798。平均 N50長度為1296bp，平均reads質(zhì)量為10.63 ，表明測序RNA的完整性很高。平均98.13% 的clean reads比對到蜜蜂參考基因組(Amel HAv 3.1)。每組兩個生物學(xué)重復(fù)的Pearson相關(guān)系數(shù)均在0.85以上，樣本聚類樹也顯示每組兩個重復(fù)聚集在一起，表明生物重復(fù)性良好。 2. 鑒定顯著差異表達(dá)的isoform(DEIs)和基因(DEGs) 結(jié)果表明，在蜜蜂級型分化中存在著全基因組差異表達(dá)的isoform。和蜂王相比，在2d、4d 和6d的工蜂幼蟲中，分別鑒定了662個、1855個和1042個 DEIs，數(shù)量明顯高于 DEGs (分別為281個、1369個和645個)。為了比較 DEIs 和 DEGs 之間的差異，首先將 DEIs 比對到參考基因(DEIGs)上，發(fā)現(xiàn)在2d、4d 和6d 工蜂中，DEIGs 和 DEGs 之間分別只有271個(34.72%)、977個(53.45%)和410個(38.32%)重疊。表明，在蜂王和工蜂的分化上DEIs 和 DEGs有很大差異。 分別在 2d、4d 和 6d 比較組中鑒定到 24、54、48 個DEIs參與蜜蜂級型分化的幾個關(guān)鍵的KEGG 信號通路，如 mTOR，Notch，F(xiàn)oxO，Wnt，IIS，Hippo，TGF-beta 和 MAPK。這些信號通路在2d、4d 和 6d分別有7、34、33個 DEGs富集。在2d、4d 和6d 的比較組中， Poly(A)長度與isoform數(shù)量成負(fù)相關(guān)，蜂王較多 ，工蜂較少。 DEIs 和 DEGs 在5個關(guān)鍵的 KEGG 信號通路(mTOR，Notch，F(xiàn)oxO，Wnt，IIS)中富集，這些通路以前被證明參與了蜂王的分化。DEIs 存在于這5條通路中的35個蛋白質(zhì)上，而DEGs存在于17個蛋白質(zhì)上。其中23個蛋白質(zhì)僅存在于 DEIs，而有5個僅存在于DEGs，12個蛋白質(zhì)同時存在于DEI 和 DEG 中。以上結(jié)果表明，與DEG相比，這5個關(guān)鍵通路中顯著差異表達(dá)了更多的isoform。 3. 蜂王和工蜂之間特異性表達(dá)的isoform 作者分別在2日齡、4日齡和6日齡蜂王和工蜂幼蟲中鑒定了187、357和364個特異性表達(dá)的isoform，其中蜂王比工蜂多。蜂王特異性表達(dá)的isoform數(shù)量在第4天達(dá)到最大值，而工蜂在第6天達(dá)到最大值。這表明在幼蟲早期，蜂王發(fā)育分化較快，而工蜂發(fā)育分化較晚。 特異性表達(dá)的isoform被富集到8個關(guān)鍵的 KEGG 信號通路，如 mTOR 和 IIS，以及一些關(guān)鍵基因，如 DNA甲基轉(zhuǎn)移酶3(Dnmt3)和 Ecr (圖3)。表明在蜂王或工蜂的發(fā)育過程中，存在特異性表達(dá)的isoform，這些isoform可能參與蜜蜂的級型分化。 4. DEIs 和可變剪接 在每個樣本中平均鑒定出21,574個isoform，比對到平均8509個參考基因上。表明蜜蜂基因組中，基因會產(chǎn)生了不同的isoform。通過對可變剪接事件進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)絕大多數(shù)DEIs (2d、4d和6d的DEIs分別為73.26%、67.98%和63.53%)包含AS事件，其中絕大多數(shù)存在至少兩種類型的AS。最常見的類型是 RI、A5和A3組合。表明在蜜蜂發(fā)育過程中轉(zhuǎn)錄本的形成比以前所知的更為復(fù)雜。 通過對2d、4d 和6d的工蜂和蜂王的比較，發(fā)現(xiàn)9.82% (65)、5.71% (106)、9.50% (99)的DEIs存在顯著差異AS 事件。其中有很多包含至少兩種顯著差異的AS事件。 5. Poly(A)長度與 DEIs 和 DEGs 表達(dá)的相關(guān)性 通過對Poly(A)長度分析，發(fā)現(xiàn)isoform表達(dá)與其Poly(A)尾長呈負(fù)相關(guān)。DEIs和 DEGs的表達(dá)也與其 Poly(A)長度呈負(fù)相關(guān)，且這種負(fù)相關(guān)性在DEI中強于DEG。表明，Poly(A)尾通過負(fù)調(diào)控DEI，進(jìn)而參與調(diào)控蜜蜂級型分化。 6. 兩個關(guān)鍵基因的isoform表達(dá)與Poly(A)長度的相關(guān)性 以參與蜂王分化的兩個關(guān)鍵基因：Jhe 和 Ecr為例，展示isoform表達(dá)與Poly(A)長度之間的相關(guān)性。Jhe 只有一個isoform，與Poly(A)長度呈負(fù)相關(guān)。Ecr 基因有4個isoform，選擇最顯著差異表達(dá)的isoform(Ecr.t4)來展示，同樣，Ecr.t4 的表達(dá)也與其Poly(A)長度呈負(fù)相關(guān)。通過對 Ecr 基因的兩個isoform(Ecr.t1和 Ecr.t2)進(jìn)行 TaqMan 實時定量 PCR 驗證，結(jié)果與 DRS 結(jié)果基本一致，證實了在蜜蜂級型分化中存在偏向性的isoform表達(dá)。 總結(jié) 總之，RNA加工在蜜蜂表型可塑性方面起著重要作用，該研究使用DRS技術(shù)，顯示了蜂王和工蜂之間isoform表達(dá)的差異程度，轉(zhuǎn)錄本剪接的復(fù)雜性和Poly(A)長度的相關(guān)性。該研究不僅深入解析了蜜蜂級型分化過程中復(fù)雜的RNA加工和修飾，也為其它動物的表型可塑性研究以及其內(nèi)在的分子調(diào)控機制提供了科學(xué)借鑒。 參考文獻(xiàn)： Xu Jiang He, et al., Extent and complexity of RNA processing in honey bee queen and worker caste development. iScience, 2022. https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.104301. |
回復(fù)此樓» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
newwodwom» 猜你喜歡
可以準(zhǔn)確的通過filecode判斷基金中還是不中。
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
感覺普通人已經(jīng)沒辦法玩了，躺平是唯一的出路。
已經(jīng)有26人回復(fù)
-
植物學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有66人回復(fù)
-
江蘇省優(yōu)青門檻
已經(jīng)有20人回復(fù)
-
心好累。今年我們部門提交了18個項目。中了11了，可惜我的又掛了
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
面上項目計劃書
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
面上項目計劃書附件
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
面上項目計劃書系統(tǒng)狀態(tài)
已經(jīng)有18人回復(fù)
-
NSFC-UNEP（與聯(lián)合國環(huán)境規(guī)劃署）合作項目
已經(jīng)有33人回復(fù)
-
和伊朗人合作
已經(jīng)有32人回復(fù)
-
江蘇省自然基金
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
ChernWood
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 154.7
- 帖子: 44
- 在線: 12.7小時
- 蟲號: 23461572
- 注冊: 2020-09-01
- 專業(yè): 生物化學(xué)
2樓2022-05-18 01:56:31
newwodwom
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 77
- 散金: 73
- 帖子: 53
- 在線: 8.6小時
- 蟲號: 23410091
- 注冊: 2020-08-23
- 專業(yè): 系統(tǒng)生物學(xué)
3樓2022-05-22 14:41:40
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 小迷糊栗子 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 環(huán)境工程專碩307 一志愿211 四六級已過 求調(diào)劑 +5 | ccc! 2026-03-03 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0856材料求調(diào)劑 +17 | hyf hyf hyf 2026-02-28 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 320材料一志愿西工大專碩英二數(shù)二 有兩年光伏工作經(jīng)驗 +5 | 錘某人 2026-03-04 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料085601一志愿哈工大317 +3 | 壓迫感行 2026-03-04 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料復(fù)試調(diào)劑 +7 | 學(xué)材料的點 2026-03-01 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 264求調(diào)劑 +8 | 26調(diào)劑 2026-03-03 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 320材料與化工，求調(diào)劑 +6 | 鶴遨予卿 2026-03-04 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料專碩346求調(diào)劑 +3 | 旺一下 2026-03-04 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085601 材料305分求助 +4 | 泡泡郵件 2026-03-03 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085600求調(diào)劑 +4 | LRZZZZZZ 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料工程269求調(diào)劑 +7 | 白刺玫 2026-03-02 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 主題 +3 | realstar2006 2026-02-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學(xué)，化學(xué)專業(yè)344分，求調(diào)劑 +6 | 邢xing1 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | Guo_yuxuan 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 267求調(diào)劑 +6 | 釣魚佬as 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +11 | yunziaaaaa 2026-03-01 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 一志愿華南理工大學(xué)材料與化工326分，求調(diào)劑 +3 | wujinrui1 2026-02-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿鄭大材料學(xué)碩298分，求調(diào)劑 +6 | wsl111 2026-03-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +3 | cgyzqwn 2026-03-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 317一志愿華南理工電氣工程求調(diào)劑 +6 | Soliloquy_Q 2026-02-28 | 11/550 |
|