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pang04無蟲 (小有名氣)
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[交流]
藥物分子相互作用、分子對接、靶點(diǎn)預(yù)測
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文章來源：公眾號“科研討論圈” 1.CADD：蛋白-小分子、Homology modeling、分子對接軟件、小分子構(gòu)建、半柔性對接、3D-QSAR模型構(gòu)建等 2.schrodinger：晶體結(jié)構(gòu)構(gòu)象比較、柔性對接及基於結(jié)構(gòu)的虛擬篩選、藥效團(tuán)構(gòu)建虛擬篩選等 3.amber分子動力學(xué)、能量優(yōu)化、結(jié)合自由能計(jì)算 4.gromacs蛋白模擬、藥物開發(fā)溶劑篩選 蛋白-配體相互作用 1.分子對接基礎(chǔ)、原理及對接軟件介紹 2.分子對接軟件（薛定諤) 使用 2.1半柔性對接 2.1.1 小分子配體優(yōu)化準(zhǔn)備 2.1.2 蛋白受體優(yōu)化及坐標(biāo)文件準(zhǔn)備 2.1.3 蛋白受體格點(diǎn)計(jì)算 2.1.4 半柔性對接計(jì)算 2.2 對接結(jié)果評價(jià) 2.2.1 晶體結(jié)構(gòu)構(gòu)象比較 2.2.2 打分角度評價(jià)對接結(jié)果 2.2.3 構(gòu)象角度評價(jià)對接結(jié)果 2.2.4 最優(yōu)結(jié)合構(gòu)象選擇 2.2.5 已知活性化合物對接結(jié)果比較 實(shí)例講解與練習(xí)：Bcr/Abl靶點(diǎn)抑制劑的分子對接 柔性對接及基于結(jié)構(gòu)的虛擬篩選 2.3 誘導(dǎo)契合柔性對接 2.3.1 小分子配體優(yōu)化準(zhǔn)備 2.3.2 蛋白受體優(yōu)化及坐標(biāo)文件準(zhǔn)備 2.3.3 蛋白受體格點(diǎn)計(jì)算 2.3.4 柔性對接計(jì)算 2.3.5 柔性對接結(jié)果評價(jià) 2.3.6 半柔性對接與柔性對接比較與選擇 3.基于結(jié)構(gòu)的虛擬篩選（薛定諤） 3.1 虛擬篩選定義、流程構(gòu)建及演示 3.2 靶點(diǎn)蛋白選擇 3.3 化合物庫獲取 3.4 虛擬篩選 3.5 結(jié)果分析（打分值、能量項(xiàng)分解及相互作用） 4.共價(jià)對接（薛定諤） 4.1 蛋白結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備 4.2 小分子結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備 4.3 共價(jià)對接 4.4 共價(jià)對接結(jié)果分析 實(shí)例講解與練習(xí)：1）Bcr/Abl靶點(diǎn)抑制劑的虛擬篩選 2）EGFR靶點(diǎn)抑制劑共價(jià)對接 基于藥效團(tuán)虛擬篩選 5.藥效團(tuán)構(gòu)建虛擬篩選（薛定諤）及結(jié)果分析 5.1 配體和受體結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備及優(yōu)化 5.2 基于多配體共同特征構(gòu)建藥效團(tuán) 5.3 基于蛋白-配體復(fù)合物構(gòu)建藥效團(tuán) 5.4 藥效團(tuán)的特征修飾 5.5 藥效團(tuán)的富集分析 5.6 基于藥效團(tuán)的虛擬篩選 5.7 基于藥效團(tuán)虛擬篩選結(jié)果分析 實(shí)例講解與練習(xí)： 基于藥效團(tuán)的Bcr/Abl抑制劑虛擬篩選 構(gòu)效關(guān)系模型預(yù)測分子活性 6.構(gòu)效關(guān)系模型（3D-QSAR）構(gòu)建及化合物活性分析 6.1 構(gòu)效關(guān)系基本理論介紹 6.2 分子數(shù)據(jù)集準(zhǔn)備 6.3 3D-QSAR模型構(gòu)建 6.4 3D-QSAR模型結(jié)果分析 6.5 3D-QSAR模型預(yù)測新化合物活性 實(shí)例講解與練習(xí)： Bcr/Abl抑制劑3D-QSAR構(gòu)建及分子活性預(yù)測 等等等 |
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