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小白求教回復(fù)審稿人關(guān)于Gene Ontology方法的問題 已有1人參與
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投稿BMC，由于對Gene Ontology富集分析不太了解，所以不知該怎么回復(fù)審稿人才好？ 其中一位審稿人提出 Question 2: The enrichment analysis is unclear, in particular as regards the GO classification. What are the used method and thresholds? Please clarify. Also as regards TF analysis, It is unclear if the classification and the difference among the samples are supported by an enrichment analysis. This must be clarified because in the absence of a statistical validation it is evident that the whole discussion is weak. 富集分析尚不清楚，尤其是在GO分類方面。使用的方法和閾值是什么？請澄清。此外，關(guān)于TF分析，還不清楚樣品之間的分類和差異是否得到富集分析的支持。這一點(diǎn)必須澄清，因?yàn)樵谌狈y(tǒng)計(jì)驗(yàn)證的情況下，整個(gè)討論顯然是薄弱的。 |
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送紅花一朵 
3樓2020-11-22 17:47:29
fuyuandj86
版主 (著名寫手)
己所不欲，勿施于人
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- 專業(yè): 生物化學(xué)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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把你做富集分析的參數(shù)，怎么排序的告訴他就行了。 你文章里對轉(zhuǎn)錄因子做富集分析了嗎？聽起來好像是審稿人要你對TF或者TF的靶基因做一個(gè)富集分析。不知道你文章里是怎么寫的所以難以判斷審稿人具體是什么意思。 另外，GSEA用的數(shù)學(xué)方法請閱讀這篇PNAS：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1239896/ |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
2樓2020-11-22 13:54:08
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您這個(gè)好像和我做的差不多，我也是公司給做的測序和報(bào)告，回來以后在即把轉(zhuǎn)錄組分析自學(xué)了一遍，好像還是很懵逼，文章寫了，一直再改！您是投了哪個(gè)期刊呀！推薦一下唄 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
4樓2020-11-23 10:54:50
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