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smz183

新蟲 (正式寫手)

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做轉(zhuǎn)錄組可變剪切，兩段序列，其中一段短的是跟長序列中的一段完全重復(fù)，想知道短序列的表達(dá)，除了在長的特異的地方和短序列設(shè)計(jì)引物，做qpcr，做減法。還有其它辦法嗎，如果有這樣減的也可以，其中遇到了一些問題，求助

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1樓 2020-10-27 08:44:35

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用戶曉曉

木蟲 (正式寫手)

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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

1，首先第二段序列不可能與長序列中的一段完全一致，這樣的話二代測序是不可能獲得短的轉(zhuǎn)錄本的。且極有可能短序列就是不完整的片段，不是一個(gè)完整的轉(zhuǎn)錄本。

2，不同轉(zhuǎn)錄本之間一定存在不同的序列，一般是根據(jù)特異的序列來設(shè)計(jì)引物定量。

3，當(dāng)然很有可能兩者之間的差異不足以設(shè)計(jì)引物來分別定量，那么常用的方法就是通過加減的方式來計(jì)算每個(gè)轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)。

4，加減的方式其實(shí)有非常大的弊端，即未知的轉(zhuǎn)錄本會直接影響結(jié)果的準(zhǔn)確性。那么此時(shí)更有效的應(yīng)該是三代測序或者RNA直接測序來分別進(jìn)行不同轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量。

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回復(fù)此樓

16樓2020-10-28 22:16:12

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何超小2樓

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