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單基因突變+腫瘤突變負(fù)荷+免疫細(xì)胞浸潤文章套路
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單基因突變+腫瘤突變負(fù)荷+免疫細(xì)胞浸潤文章套路 --生信自學(xué)網(wǎng) 今天我們我們要介紹一個單基因突變的文章套路，這個課程是根據(jù)5分的文章錄制，文獻(xiàn)題目是” EP300 mutation is associated with tumor mutation burden and promotes antitumor immunity in bladder cancer patients”。這個課程巧妙的通過TCGA和ICGC突變數(shù)據(jù)取交集，找到在兩個數(shù)據(jù)庫中突變頻率都高的基因。然后找出這些基因中與腫瘤突變負(fù)荷和生存都具有相關(guān)性的基因，從中選出一個基因，進(jìn)行后續(xù)的免疫細(xì)胞浸潤分析。 這個課程主要內(nèi)容包括單基因腫瘤突變文章套路簡介，轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)下載，轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)整理，id轉(zhuǎn)換，臨床數(shù)據(jù)下載，臨床數(shù)據(jù)整理，TCGA突變數(shù)據(jù)下載，TCGA突變統(tǒng)計(jì)，TCGA瀑布圖輸入文件準(zhǔn)備，TCGA瀑布圖，ICGC突變數(shù)據(jù)下載，ICGC基因注釋，ICGC突變統(tǒng)計(jì)，ICGC瀑布圖輸入文件準(zhǔn)備，ICGC瀑布圖，TCGA和ICGC突變數(shù)據(jù)取交集，計(jì)算腫瘤突變負(fù)荷，基因突變和TMB的關(guān)系，生存輸入文件準(zhǔn)備，基因突變的生存分析，獨(dú)立預(yù)后分析，GSEA輸入文件準(zhǔn)備，GSEA富集分析，多GSEA富集圖，免疫細(xì)胞浸潤，免疫細(xì)胞浸潤可視化，基因突變和免疫細(xì)胞的關(guān)系。 01.JPG 02.JPG 03.JPG 04.JPG 05.JPG 06.JPG 07.JPG 08.JPG 09.JPG 10.JPG 11.JPG 主圖.JPG |
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