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威少一條龍新蟲 (初入文壇)
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[求助]
DS對(duì)接后的蛋白和小分子無法另存為一個(gè)復(fù)合體文件，求助!!! 已有2人參與
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從PDB下載的6MJY，蛋白結(jié)構(gòu)和小分子在一組，可以進(jìn)行后續(xù)的動(dòng)力學(xué)處理。自己做的分子對(duì)接后，把蛋白結(jié)構(gòu)和構(gòu)象較好的小分子一起保存為PDB文件，打開后為兩個(gè)model，用DS進(jìn)行動(dòng)力學(xué)處理時(shí)，比如添加力場(chǎng)和溶劑環(huán)境，只能對(duì)一個(gè)model操作，而不是作為復(fù)合體來操作，就無法進(jìn)行后續(xù)動(dòng)力學(xué)分析。 QQ截圖20200709161435.png QQ截圖20200709161456.png |
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0703化學(xué)學(xué)碩 288分
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接收調(diào)劑
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293求調(diào)劑
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環(huán)境工程學(xué)碩288求助調(diào)劑
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2樓2020-07-10 18:58:26
3樓2020-08-20 12:20:46
masochism
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 22.9
- 帖子: 9
- 在線: 7.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 15372963
- 注冊(cè): 2019-06-19
- 專業(yè): 食品科學(xué)基礎(chǔ)
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你好，我想問下我同源建模出來的結(jié)構(gòu)與配體不在CDR區(qū)對(duì)接上，而在其他的空腔對(duì)接，請(qǐng)問這是什么原因呢？ 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
4樓2020-11-02 23:04:50
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用pymol 可以直接把兩個(gè)對(duì)象存為一體。其次，可以手動(dòng)用任何txt編輯工具把.pdb文件里chain name都改成一樣的A 鏈或者都改成B 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2020-11-27 22:56:59
6樓2021-11-26 18:20:20
7樓2021-11-26 18:23:21
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