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生信自學網(wǎng)鐵蟲 (小有名氣)
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[交流]
GEO數(shù)據(jù)庫轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析
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geo數(shù)據(jù)庫轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析 --生信自學網(wǎng) 很多學員在做geo數(shù)據(jù)分析的時候，經(jīng)常會遇到這樣的問題：探針的矩陣不知道從哪里下載，下載的matrix里面只有樣品的信息，而沒有探針或者基因的表達數(shù)據(jù)；或者找不到平臺文件，不知道如何進行id的轉(zhuǎn)換。有可能是我們搜索數(shù)據(jù)的時候，搜索到了轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，而不是芯片數(shù)據(jù)。那么，如果我們想分析geo數(shù)據(jù)庫轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，又該如何分析呢？這就是我們這個課程的內(nèi)容。這個課程講解四種不同轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的下載和整理，同時對不同作者上傳的數(shù)據(jù)，使用不同的方法做了差異分析。 課程內(nèi)容包括：geo轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析簡介，軟件準備，數(shù)據(jù)檢索和下載，矩陣數(shù)據(jù)整理，單個樣品文件數(shù)據(jù)整理，ensembl數(shù)據(jù)整理，基因id數(shù)據(jù)整理，原始count差異過濾(fdr過濾)，原始count差異分析(pvalue過濾)，normalize數(shù)據(jù)差異分析(fdr過濾)，normalize數(shù)據(jù)差異分析(pvalue過濾)，id轉(zhuǎn)換，go富集分析，kegg富集分析，蛋白互作網(wǎng)絡，網(wǎng)絡核心基因。 01.png 02.png 03.png 04.png 05.png 06.png 07.png 08.png 09.png 10.png 11.png |
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