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一只科研豬新蟲 (初入文壇)
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[求助]
求助PGAP (prokaryotic genome annotation pipeline)使用教程
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求助，用PGAP怎么進(jìn)行基因組注釋？可以不下載軟件，只在它的網(wǎng)頁上輸入結(jié)果進(jìn)行比對嗎？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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nanhu1984
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這是ncbi基因組提交系統(tǒng)內(nèi)部的一個基因組注釋工具，你可以把基因組提交ncbi，選擇pgap注釋你的基因組，設(shè)定公布基因組的時間即可 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
2樓2020-06-24 13:43:00
一只科研豬
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我想再問一下您知道如果從ncbi上下載一個基因組自己模擬一下怎么用pgap注釋要怎么操作？因?yàn)楹笃谖易约阂矔龌蚪M，所以想拿已有的數(shù)據(jù)先練練手 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2020-06-24 20:49:54
nanhu1984
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這個是沒有辦法模擬的，因?yàn)槟愕幕蚪M提交ncbi時，系統(tǒng)會自動和數(shù)據(jù)庫中的基因組進(jìn)行比對分析，如果發(fā)現(xiàn)是一模一樣，ncbi會提出質(zhì)疑，需要你進(jìn)行解釋 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
4樓2020-06-24 23:36:18
一只科研豬
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我看了b站上一個pgap的教程，他說可以在基因組提交到ncbi之前先用pgap進(jìn)行注釋。所以我想著是不是能下載一個已知的基因組試著用pgap注釋一下。還是說在locally用pgap進(jìn)行分析僅限于還未提交到ncbi的數(shù)據(jù)，不能下載已經(jīng)體檢過的數(shù)據(jù)分析？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2020-06-25 12:52:22
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