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中國(guó)大學(xué)MOOC的生物信息學(xué)之華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
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確實(shí)各大高校的課程設(shè)置，跟不上生物信息學(xué)的發(fā)展速度啊！這兩天我會(huì)把全部中國(guó)大學(xué)MOOC的生物信息學(xué)課程搬運(yùn)過來(lái)推薦給大家，如果確實(shí)有需要的朋友，可以查漏補(bǔ)缺，適當(dāng)看一看。但是我們的重點(diǎn)是討論一下新時(shí)代的生物信息學(xué)課程設(shè)置，不應(yīng)該是這樣的泛泛而談的生物信息學(xué)認(rèn)知課。 我這里起一個(gè)頭，**我希望高�？梢蚤_設(shè)的課程**包括； - 腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)之TCGA計(jì)劃（希望可以介紹NGS技術(shù)在腫瘤學(xué)的應(yīng)用，TCGA計(jì)劃的來(lái)龍去脈，數(shù)據(jù)背后的生物學(xué)認(rèn)知革命） - 實(shí)用生物信息學(xué)統(tǒng)計(jì)大全（包括差異分析，富集分析，GSEA，WGCNA，GSVA等等） - 生物信息學(xué)圖表繪制課（各種NGS組學(xué)數(shù)據(jù)下游分析圖表展示示例講解） - 其它待你補(bǔ)充哦 今天我們推薦的是華中農(nóng)業(yè)大學(xué)的生物信息學(xué)課程 - https://www.icourse163.org/course/HZAU-1205902809 ### 課程前言 本課程在原國(guó)家級(jí)精品課程、國(guó)家級(jí)精品資源共享課《生物信息學(xué)》基礎(chǔ)上轉(zhuǎn)型升級(jí)，是一門生命科學(xué)領(lǐng)域和信息科學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用型交叉學(xué)科。課程共分為八章，分別是生物信息學(xué)概要、生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)、生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索、系統(tǒng)演化分析、基因分析和基因組注釋、蛋白質(zhì)分析、基因組瀏覽器、生物信息學(xué)其他應(yīng)用。通過本課程的學(xué)習(xí)，可以培養(yǎng)學(xué)員具有生物信息學(xué)方面的理論基礎(chǔ)和基本技能，能夠運(yùn)用所掌握的生物信息學(xué)理論、方法和技術(shù)初步解決科研和實(shí)際工作中生物信息的存儲(chǔ)、檢索、分析和利用的問題。本課程不僅有理論講授，更有大量操作視頻，并輔以在線互動(dòng)答疑和其他相關(guān)資料。 ### 課程目錄 #### 第一章 生物信息學(xué)概要 - 1.1 生物信息學(xué)發(fā)展 - 1.2 生物信息學(xué)基本方法和技術(shù) - 1.3 生物信息學(xué)研究?jī)?nèi)容 - 1.4 生物信息學(xué)應(yīng)用 #### 第二章 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) - 2.1 核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù) - 2.2 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù) - 2.3 其他數(shù)據(jù)庫(kù)及數(shù)據(jù)提交 #### 第三章 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索 - 3.1 關(guān)鍵詞為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索 - 3.2 序列對(duì)位排列分析原理 - 3.3 序列為基礎(chǔ)的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索 #### 第四章 系統(tǒng)演化分析 - 4.1 多序列對(duì)位排列 - 4.2 系統(tǒng)演化分析 - 4.3 MEGA應(yīng)用 #### 第五章 基因分析和基因組注釋 - 5.1 編碼蛋白質(zhì)基因預(yù)測(cè) - 5.2 非編碼RNA基因預(yù)測(cè) - 5.3 基因結(jié)構(gòu)分析 - 5.4 miRNA及靶基因預(yù)測(cè) - 5.5 ENCODE #### 第六章 蛋白質(zhì)分析 - 6.1 蛋白質(zhì)性質(zhì)和結(jié)構(gòu)分析 - 6.2 膜蛋白分析 - 6.3 蛋白質(zhì)翻譯后修飾分析 - 6.4 蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位分析 #### 第七章 基因組瀏覽器 - 7.1 UCSC基因組瀏覽器 - 7.2 Ensembl基因組瀏覽器 - 7.3 代表性模式生物數(shù)據(jù)庫(kù) - 7.4 代表性農(nóng)作物數(shù)據(jù)庫(kù) #### 第八章 生物信息學(xué)其他應(yīng)用 - 8.1 芯片表達(dá)譜及RNA-seq應(yīng)用 - 8.2 ChIP-seq技術(shù)及應(yīng)用 - 8.3 Galaxy應(yīng)用 - 8.4 GEO數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)用 - 8.5 CRISPR gRNA設(shè)計(jì) - 8.6 Primer設(shè)計(jì) - 8.7 限制性核酸內(nèi)切酶切割位點(diǎn)分析 - 8.8 測(cè)序在組學(xué)中的應(yīng)用 可以看到，基本上是圍繞著生物信息學(xué)早期概念而展開的，現(xiàn)在流行的NGS測(cè)序，以及各種的組學(xué)技術(shù)都沒有涉及。 ### 參考資料 - Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (Third edition). New York: Wile-Interscience. 2004. - NCBI Education. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/learn/ - EMBL-EBI. https://www.ebi.ac.uk/ - 樊龍江。生物信息學(xué)。浙江大學(xué)出版社，2017。 - Mayer B。組學(xué)數(shù)據(jù)生物信息學(xué)：研究方法與實(shí)驗(yàn)方案（導(dǎo)讀版）。科學(xué)出版社，2013。 - 李霞 雷健波 李亦學(xué)。生物信息學(xué)（第二版）。人民衛(wèi)生出版社，2015。 |
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