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中國(guó)大學(xué)MOOC的生物信息學(xué)之河南科技大學(xué)
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最近在B站重新學(xué)習(xí)我自己的視頻課程，發(fā)現(xiàn)一個(gè)ID為**學(xué)什么不好非要學(xué)生物**的小朋友搬運(yùn)了大量的生物信息學(xué)公開(kāi)課，都是中國(guó)大學(xué)MOOC，我簡(jiǎn)單看了看課程設(shè)置，知識(shí)點(diǎn)目錄�？偹闶敲靼琢藶槭裁春芏嗳穗m然是生物信息學(xué)科班出來(lái)的，但是仍然是不會(huì)處理各種各樣的NGS組學(xué)數(shù)據(jù)，甚至簡(jiǎn)單的芯片表達(dá)矩陣或者信號(hào)值矩陣也是很勉強(qiáng)。 確實(shí)各大高校的課程設(shè)置，跟不上生物信息學(xué)的發(fā)展速度�。∵@兩天我會(huì)把全部中國(guó)大學(xué)MOOC的生物信息學(xué)課程搬運(yùn)過(guò)來(lái)推薦給大家，如果確實(shí)有需要的朋友，可以查漏補(bǔ)缺，適當(dāng)看一看。但是我們的重點(diǎn)是討論一下新時(shí)代的生物信息學(xué)課程設(shè)置，不應(yīng)該是這樣的泛泛而談的生物信息學(xué)認(rèn)知課。 我這里起一個(gè)頭，**我希望高校可以開(kāi)設(shè)的課程**包括； - 腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)之TCGA計(jì)劃（希望可以介紹NGS技術(shù)在腫瘤學(xué)的應(yīng)用，TCGA計(jì)劃的來(lái)龍去脈，數(shù)據(jù)背后的生物學(xué)認(rèn)知革命） - 實(shí)用生物信息學(xué)統(tǒng)計(jì)大全（包括差異分析，富集分析，GSEA，WGCNA，GSVA等等） - 生物信息學(xué)圖表繪制課（各種NGS組學(xué)數(shù)據(jù)下游分析圖表展示示例講解） - 其它待你補(bǔ)充哦 今天我們推薦的是河南科技大學(xué)的生物信息學(xué)課程：https://www.icourse163.org/course/HAUST-1003368029 ### 課程前言 生物信息學(xué)是生物科學(xué)類、農(nóng)林類及醫(yī)學(xué)類等本科專業(yè)的一門專業(yè)課程，主要培養(yǎng)學(xué)習(xí)者具備初步的生物信息學(xué)綜合分析技能和創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)能力。河南科技大學(xué)《生物信息學(xué)》課程于2018年度被遴選為河南省省級(jí)精品在線開(kāi)放課程。 ### 課程目錄 #####1 緒論 - 1.1 生物信息學(xué)是什么？ - 1.2 生物信息學(xué)學(xué)什么 - 1.3 生物信息學(xué)如何學(xué)？ - 1.4 《生物信息學(xué)》課程發(fā)展歷程 #####2 生物分子數(shù)據(jù)庫(kù) - 2.1 生物分子數(shù)據(jù)庫(kù)的分類 - 2.2 核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù) - 2.3 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù) - 2.4 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB - 2.5 基因組數(shù)據(jù)庫(kù) - 2.6 PubMed文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù) - 2.7 二級(jí)核酸數(shù)據(jù)庫(kù) - 2.8 二級(jí)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù) #####3 數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢與搜索 - 3.1 數(shù)據(jù)庫(kù)查詢與搜索概述 - 3.2 Entrez數(shù)據(jù)庫(kù)查詢 - 3.3 數(shù)據(jù)庫(kù)限定查詢 - 3.4 BLAST算法及種類 - 3.5 BLASTp分析 #####4 核酸序列分析 - 4.1 核酸序列分析概述 - 4.2 PCR引物設(shè)計(jì) - 4.3 測(cè)序結(jié)果載體污染序列檢測(cè)及序列拼接 - 4.4 ORF預(yù)測(cè) - 4.5 DNA內(nèi)含子-外顯子預(yù)測(cè) - 4.6 核酸序列提交 #####5 序列比對(duì) - 5.1 序列比對(duì)的基本概念 - 5.2 序列比對(duì)的得分系統(tǒng) - 5.3 核酸打分矩陣 - 5.4 蛋白質(zhì)打分矩陣 - 5.5 雙序列比對(duì)算法 - 5.6 Needleman-Wunsch算法 - 5.7 Smith-Waterman算法 - 5.8 在線雙序列比對(duì) - 5.9 基于DNAMAN 7.0的多序列比對(duì) #####6 分子系統(tǒng)發(fā)育分析 - 6.1 Quagga的進(jìn)化地位問(wèn)題 - 6.2 系統(tǒng)發(fā)育學(xué)基本概念 - 6.3 系統(tǒng)發(fā)育樹 - 6.4 分子系統(tǒng)發(fā)育分析 - 6.5 Fitch-Margoliash法系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建 - 6.6 UPGMA法系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建 - 6.7 應(yīng)用MEGA軟件分子構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹 #####7 蛋白質(zhì)物理化學(xué)及結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) - 7.1 蛋白質(zhì)物理化學(xué)性質(zhì)預(yù)測(cè) - 7.2 跨膜結(jié)構(gòu)域分析 - 7.3 亞細(xì)胞定位分析 - 7.4 信號(hào)肽分析 - 7.5 二級(jí)結(jié)構(gòu)分析 - 7.6 保守結(jié)構(gòu)域分析 - 7.7 3D結(jié)構(gòu)分析 可以看到，基本上是圍繞著生物信息學(xué)早期概念而展開(kāi)的，現(xiàn)在流行的NGS測(cè)序，以及各種的組學(xué)技術(shù)都沒(méi)有涉及。 ### 參考資料 - Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame. Bioinformatics for Dummies. 2nd Edition. Hoboken: Wiley publishing, Inc., 2007. - 陳銘 主編．生物信息學(xué)．第2版．北京：科學(xué)出版社，2015. - 陶士珩 主編．生物信息學(xué)．第1版．北京：科學(xué)出版社，2008. - 呂巍 主編. 《生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)教程》，第1版. 北京：高等教育出版社，2016. |
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