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shuiquangou金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
基因組序列注釋
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研究的物種已經(jīng)測(cè)序，但基因組組裝還不完善。現(xiàn)在基因組注釋信息有預(yù)測(cè)的轉(zhuǎn)錄本和同源注釋信息，但未向其它測(cè)序物種那樣直接給出編碼的氨基酸和cds序列�，F(xiàn)有基因的轉(zhuǎn)錄本序列（包含UTR，但未注明UTR位置）、文獻(xiàn)中給出的bed12文件（轉(zhuǎn)錄本位置，轉(zhuǎn)錄本各exons起始位置），如何得到與bed12文件相一致的氨基酸序列和cds序列？有什么軟件可以實(shí)現(xiàn)么？ 注：同一基因位置可能存在多個(gè)轉(zhuǎn)錄本，利用getorf或orf-finder處理會(huì)出現(xiàn)不同轉(zhuǎn)錄本一個(gè)cds情況，transdecorder預(yù)測(cè)的又與文獻(xiàn)中的結(jié)果有出入，在尊重原文獻(xiàn)研究成果情況下，如何得到相應(yīng)的所有cds？ |
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