 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3506 | 回復: 0 | ||||
外科一哥木蟲 (著名寫手)
|
[交流]
推薦38個miRNA數(shù)據(jù)庫
|
|
-1.psRNATarget http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/ 一個在線的植物小RNA的靶基因預測工具，發(fā)表在核酸研究上。 0.TAPIR 一個在線的植物micRNA的靶基因預測工具。 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/tapir/ 1.miRBase 2.miRecords http://mirecords.biolead.org/ 動物 miRNA 的靶相互作用的數(shù)據(jù)庫, 包括人工收集實驗驗證的, 預測的 miRNA的靶目標. 靶標預測工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS. 3.PMRD http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/ PMRD是一個關于植物MicroRNA 數(shù)據(jù)庫，包括了microRNA序列和它們的靶基因、二級結構、表達譜、基因組搜索等等，并且該數(shù)據(jù)庫嘗試著整合大量的關于植物microRNA的數(shù)據(jù)。 4.CoGeMiR 5.MicroRNAdb http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/micrornadb/index.php MicroRNAdb是一個關于microRNA的綜合性數(shù)據(jù)庫。相比其他數(shù)據(jù)庫，MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且進行了充分的注釋。如今，該數(shù)據(jù)庫有732個microRNA序列的條目和439個詳細的注釋。 6.miRWalk http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/ miRWalkis是一個綜合性數(shù)據(jù)庫，提供來自人類、小鼠和大鼠的miRNA的預測信息和經(jīng)過驗證的位于其靶基因上的結位點。 7.TarBase http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/ TarBase數(shù)據(jù)庫人工搜集了實驗驗證過的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蠅、蠕蟲和斑馬魚中的miRNA的靶基因，區(qū)分出這些miRNA靶基因中的對的和不對的。 8.miRGator http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.html miRGator數(shù)據(jù)庫是一個引導對miRNA進行功能闡釋的工具。功能分析和表達譜結合靶基因預測，可以對miRNA的生物學功能進行推測。 9.miRGen 10.miRNAMap 11.Vir-Mir http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi Vir-Mir數(shù)據(jù)庫提供預測的病毒miRNA的候選發(fā)夾結構序列。 12.ViTa 13.ASRP Database http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/db/ ASRP網(wǎng)站組織了擬南芥中的小RNA的信息，這些小RNA是通過ASRP或其他實驗室分離得到的。 14.miRNApath http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php miRNApath是一個關于miRNA、靶基因以及代謝通路的的數(shù)據(jù)庫。 15.miRex http://miracle.igib.res.in/mirex/ miRex是一個分析microRNA基因表達的在線資源庫，搜集，整理和分析已發(fā)表的關于microRNA基因表達的數(shù)據(jù)，它允許研究者通過數(shù)千數(shù)據(jù)點來分析基因表達和提供microRNA基因表達數(shù)據(jù)的在線保存。 16.PolymiRTS http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ 自然產(chǎn)生的miRNA的靶標位點DNA變異的數(shù)據(jù)庫. 17.SeqBuster http://estivill_lab.crg.es/seqbuster/ 一個生物信息學在線工具，通過高深度測序來研究miRNA的變異。 18.WMD3 http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgi 用于設計人工的miRNA 19.TargetScan 20.microRNA.org 21.PicTar 22.RNAhybrid http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ RNAhybrid是一種用于尋找一條長鏈RNA和一條短鏈RNA的最小配對自由能的工具，是通過一種域碼來實現(xiàn)的。例如一條短鏈序列結合到長鏈的最佳位置上。該工具主要作為microRNA靶基因預測用. 23.microInspector http://bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/ microInspector提供miRNA結合位點的預測。 24.TripletSVM http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/ TripletSVM是一個用于預測一個具有發(fā)夾結構的被查詢序列是否是一個真正的miRNA前體物的程序. 25.TransmiR 26.miR2Disease http://mlg.hit.edu.cn:8080/miR2Disease/search.jsp miR2Disease數(shù)據(jù)庫是一個人工注釋的數(shù)據(jù)庫，主要收錄的是與人類疾病相關的microRNA信息. 27.S-MED http://www.oncomir.umn.edu/SMED/index.php S-MED(肉瘤microRNA表達數(shù)據(jù)庫)是一個存儲miRNA表達譜的數(shù)據(jù)庫，這些miRNA是在多種人的肉瘤中以及一些選擇的正常組織中發(fā)現(xiàn)的。 28.PMRD http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/ 植物microRNA數(shù)據(jù)庫 29.deepBase 30.starBase 31.PITA http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html PITA基于靶位點的可接性(target-site accessibility)預測microRNA的靶標。 32.RNA22 33.miRTarBase 34.miRanda http://www.microrna.org/microrna/home.do miRanda是John等于2003年5月開發(fā)的第一個miRNA靶基因預測軟件。miRanda適用范圍廣泛，不受物種限制，同時提供了 windows,linux,和macintosh多平臺版本，可以下載到本地運行。堿基互補方面，miRanda算法和Smith-Waterman算 法相似，但它以堿基互補(如A=U,G=C等)代替Smith-Waterman算法中的堿基匹配(如A-A,U-U等)來構建打分矩陣，允許G=U錯 配，為了體現(xiàn)miRNA3’端和5’端和靶基因作用過程中的不對稱性，軟件給出了scale參數(shù)(5’端11個堿基得分值乘以該值，然后和3’端11個堿 基得分值相加作為堿基互補得分)。同時強調miRNA第2到4位堿基和靶基因精確互補，第3到12位堿基和靶基因錯配不得多于5個，9到L-5(L為 miRNA總長)位堿基至少一個錯配，最后5個堿基錯配不得多于兩個。 35.DIANA-microT 36.RNAhybrid http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ RNAhybrid是Behmsmeier M等[15]基于miRNA和靶基因二聚體二級結構開發(fā)的miRNA靶基因預測軟件。RNAhybrid預測算法禁止分子內(nèi)、miRNA分子間及靶基因間 形成二聚體，根據(jù)miRNA和靶基因間結合能探測最佳的靶位點。盡管隨著靶基因序列長度增加，運算復雜度也相應增加，但RNAhybrid和其它RNA二 級結構預測軟件諸如mfold, RNAfold, RNAcofold和pairfold相比，仍具有明顯的速度優(yōu)勢。此外，RNAhybrid允許用戶自定義自由能閾值及p值，也允許用戶設置雜交位點的 偏向，如雜交位點必須包含miRNA 5’端2-7nt等。 |
回復此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 醫(yī)藥軟件合集 |
» 猜你喜歡
推薦一些20種氨基酸檢測的實際應用案例
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗中的趣事：實驗器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復
-
化學工程及工業(yè)化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有62人回復
-
不合理蛙科研實驗中的趣事：和實驗材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復
-
蛋白質檢測：精準分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴謹設計，解析生命機制的重要載體
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 外科一哥 的主題更新
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085600 材料與化工 298 +12 | 小西笑嘻嘻 2026-03-03 | 12/600 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 320材料與化工，求調劑 +4 | 鶴遨予卿 2026-03-04 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請]
 成果系統(tǒng)訪問量大，請15分鐘后再嘗試。由此給您造成的不便，敬請諒解。
+11
|
xhuama 2026-03-02 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 295求調劑 +5 | 等春來， 2026-03-04 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
一志愿中南大學理學化學
+5
|
15779376950 2026-03-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 化學 0703求調劑 總分293 一志愿211 +7 | 土土小蟲 2026-03-03 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 266求調劑 +5 | 哇塞王帥 2026-03-03 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 歡迎采礦、地質、巖土、計算機、人工智能等專業(yè)的同學報考 +8 | pin8023 2026-02-28 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 291求調劑 +4 | Afy123456 2026-03-03 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 266材料化工求調劑 +3 | 哇塞王帥 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境調劑 +5 | 柒槿levana 2026-03-01 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
計算機學碩 分數(shù)285求調劑
+4
|
glwshine 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 338求調劑 +5 | 18162027187 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 288求調劑 +3 | 少71.8 2026-03-02 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0854復試調劑 276 +5 | wmm9 2026-03-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 295求調劑。一志愿報考鄭州大學化學工藝學碩，總分295分 +8 | yl1 2026-03-02 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0856求調劑285 +11 | 呂仔龍 2026-02-28 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 304求調劑 +6 | 曼殊2266 2026-02-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研]
尋找調劑
+4
|
LYidhsjabdj 2026-02-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 307求調劑 +4 | 73372112 2026-02-28 | 6/300 |
|