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croninszl鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)
★★★★★★★★★★★
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[求助]
如何由晶體的CIF文件生成PDB Summary Validation Report 已有1人參與
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求助：如何由晶體的CIF文件生成PDB Summary Validation Report 投稿某期刊時(shí)要求提交晶體的PDB Summary Validation Report (designated with a Confidential watermark) ：When reporting crystal structures, authors must submit the annotated PDB Summary Validation Report (designated with a Confidential watermark) to xxxxxx at the time of submission. 在網(wǎng)上查了好久，查到如下相關(guān)的說明信息： https://www.wwpdb.org/validation/validation-reports 如下是可以提交晶體文件并生成PDB Summary Validation Report的網(wǎng)站： https://validate-rcsb-1.wwpdb.org/ 但由于自己對(duì)晶體相關(guān)的信息不了解，看了好久也基本看不懂。 所以在此希望能尋求大牛的幫忙：如何從一個(gè)已經(jīng)獲得的晶體的CIF文件生成一個(gè)PDB Summary Validation Report。 如能順利解決問題，金幣數(shù)還可以追加。十分感謝！ |
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2樓2019-10-05 21:44:36
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3樓2019-10-07 13:12:44
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4樓2019-10-08 22:01:01
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5樓2019-10-10 11:16:21
6樓2021-02-03 12:25:30
文言文
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 134 (高中生)
- 金幣: 3746.1
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- 帖子: 1429
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- 蟲號(hào): 652093
- 注冊(cè): 2008-11-11
- 專業(yè): 配位化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
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以下是從高手們那里綜合整理的，用1或者2應(yīng)該都可以 1.下載一個(gè)Discovery Studio軟件，這個(gè)軟件打開cif另存為PDB 2.在ins里加一行wpdb，然后運(yùn)行shelxl,然后shelxl會(huì)生成一個(gè)pdb文件，然后你自己去validation 有一個(gè)網(wǎng)站叫worldwide protein data bank，可以提供這個(gè)validation，網(wǎng)址:wwPDB.org 注: 應(yīng)該和iucr的checkcif流程類似。 pdb 檢查的更全面，更注重結(jié)構(gòu)本身，比如H健，扭轉(zhuǎn)角度等。沒有硬性的標(biāo)準(zhǔn)導(dǎo)致的alert。雖然對(duì)小分子結(jié)構(gòu)也沒什么大用 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
7樓2021-02-03 13:56:36
15735654874
鐵蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 48.5
- 紅花: 2
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- 專業(yè): 智能材料
8樓2022-01-07 14:48:23
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